通过中介公司申办取得建筑工程施工总承包资质，其合法性取决于中介公司的操作方式及资质申办的整个流程是否符合法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

合法情况

1. 正规中介协助准备材料：如果中介公司仅仅是协助企业准备和整理申请建筑工程施工总承包资质所需的各项材料，如企业资质申请表、企业法人营业执照、企业章程、企业技术负责人资料等，并确保这些材料真实、完整、符合法定形式，然后由企业自行向相关部门提交申请，这种情况下，通过中介公司申办资质是合法的。中介公司在这里扮演的是咨询和辅助的角色，不涉及任何违法操作。

2. 符合法定程序的中介服务：若中介公司提供的服务完全遵循了国家关于建筑工程施工总承包资质申办的法律法规和程序，包括但不限于资质标准、申请流程、审批权限等，且没有利用任何不正当手段或虚假信息来帮助企业获取资质，那么这种通过中介公司申办资质的行为也是合法的。

非法情况

1. 虚假材料或信息：如果中介公司为了帮助企业快速获得资质，而提供虚假材料或信息，如伪造企业业绩、技术人员资格证书等，或者协助企业隐瞒真实情况，这种行为明显违反了法律法规，不仅会导致资质申办失败，还可能面临法律制裁，包括但不限于罚款、吊销营业执照、限制从业等。

2. 非法挂靠或转包：有些中介公司可能与企业达成非法协议，通过挂靠或转包的方式，让不具备相应资质的企业以其他有资质企业的名义承接工程，这种行为严重扰乱了建筑市场秩序，损害了工程质量安全，是法律明确禁止的。如果通过这种方式“申办”资质，显然是非法的。

3. 行贿受贿等违法行为：在资质申办过程中，如果中介公司或企业通过行贿受贿等不正当手段来影响审批结果，这种行为不仅违法，而且严重损害了公共利益和社会公正，一旦被发现，将受到法律的严厉惩处。

法律建议

• 谨慎选择中介公司：企业在选择中介公司协助申办建筑工程施工总承包资质时，应仔细核查中介公司的资质和信誉，确保其具备合法经营资格和良好口碑。
• 严格遵守法律法规：企业应严格按照国家关于建筑工程施工总承包资质申办的法律法规和程序进行操作，确保所有材料和信息真实、完整、合法。
• 加强内部管理：企业应建立健全内部管理制度，加强对资质申办过程的监督和管理，防止出现违法违规行为。

若您在建筑工程施工总承包资质申办过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。