针对村干部在不知情的情况下批地占农田盖房且仅建了一层的情况，处理方式需结合法律程序与实际情况综合判断，具体如下：

1. 确认批地行为的合法性
   首先需核查村干部批地的具体依据。根据《土地管理法》第四十四条，涉及农用地转用为建设用地的，必须依法办理转用审批手续，且需由省级以上政府批准（基本农田则需国务院批准）。若村干部未履行法定审批程序（如未取得乡级土地利用总体规划审核、未报县级政府批准等），则批地行为本身属于违法行政，相关批文无效。

2. 区分“不知情”的合理性
   若村干部主张“不知情”，需进一步审查其是否尽到合理审查义务。例如：

   • 是否核实土地性质（如通过查询土地利用总体规划图、基本农田保护图等）；
     
   • 是否要求申请人提供用地审批文件或规划许可；
     
   • 是否履行村级民主议事程序（如村民代表大会表决）。
     若村干部未履行基本审查义务，即使主观上“不知情”，仍可能因过失被追究行政责任或民事赔偿责任。

3. 对已建房屋的处理
   根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地建房的，由县级以上政府自然资源主管部门责令退还土地、限期拆除房屋。具体到本案：

   • 若土地确为农田：房屋属于违法建筑，必须拆除并恢复土地原状，同时对占用方处以罚款（按每平方米100元至1000元标准）；
     
   • 若土地性质存疑：需通过自然资源部门核查土地利用现状图，确认是否属于建设用地或未利用地。若实际为建设用地，则可能补办手续后保留房屋。

4. 责任追究与救济途径

   • 对村干部的责任：若存在滥用职权、玩忽职守等行为，可由乡镇政府或纪检监察机关给予行政处分（如警告、记过）；构成犯罪的（如涉及贪污、受贿），依法追究刑事责任；
     
   • 对占用方的责任：除拆除房屋、罚款外，若造成农田种植条件毁坏，还需承担土壤修复费用；
     
   • 村民救济：若认为村干部行为侵害集体利益，可依据《村民委员会组织法》第二十四条，通过村民会议或村民代表会议讨论决定是否追究责任，或向乡镇政府反映要求调查处理。

建议行动步骤：

1. 立即停止施工，避免扩大损失；
   
2. 向县级自然资源部门申请土地性质核查，明确是否为基本农田；
   
3. 收集批地文件、会议记录等证据，评估村干部审查义务履行情况；
   
4. 根据核查结果，与占用方协商拆除或补办手续，或通过行政复议、诉讼途径解决争议。
   

如需进一步分析具体证据或制定应对方案，可随时向我提供细节，我会结合地方性法规给出更精准的建议。