结论：公司每次打款都标注为5000元，但实际到账金额少于该数额，这一行为是否违法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 如果公司与员工之间有明确的劳动合同或相关协议，且协议中规定了具体的工资数额或打款方式，那么公司应当按照协议约定履行。若公司实际打款少于约定数额，且没有合理的解释或依据，则可能构成违约，员工有权要求公司补足差额或承担相应的法律责任。

2. 工资支付规定角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者工资。这里的“足额”指的是按照劳动合同约定的工资数额支付。如果公司实际支付的工资少于约定数额，且没有合法理由，那么公司的行为就违反了工资支付的规定，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

3. 是否存在误解或错误角度：

   • 也有可能公司打款时存在误解或错误，比如由于系统故障、操作失误等原因导致实际到账金额少于标注金额。在这种情况下，如果公司能够及时发现问题并主动纠正，或者员工能够与公司协商解决，那么可能不构成违法。但公司应当承担因自身原因导致的损失，并尽快补足差额。

4. 是否存在其他约定或特殊情况角度：

   • 还需要考虑是否存在其他约定或特殊情况，比如公司可能因某些原因（如员工请假、迟到等）扣除了部分工资，或者双方有其他的费用结算方式。在这种情况下，如果公司能够提供合理的解释和证据，那么可能不构成违法。但公司应当确保扣除的金额和原因符合法律法规和劳动合同的约定。

建议：

• 如果你作为员工遇到这种情况，首先应当与公司进行沟通，了解实际到账金额少于标注金额的原因。
• 如果公司无法给出合理的解释或拒绝补足差额，你可以向当地的劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 在处理此类问题时，建议保留好相关的证据，如劳动合同、工资条、银行流水等，以便在需要时提供证明。

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