农民在自家院子里盖房是否违法，主要取决于是否满足当地的建房规定、审批程序以及是否符合规划要求。以下是对此问题的详细分析：
一、合法建房的情况
土地性质合规：
- 农民需确保院子里的土地是宅基地或具有合法的建设用地使用权。宅基地是农村村民用于建造住宅及其附属设施的集体建设用地，其分配和使用需符合相关法律法规。
审批手续齐全：
- 农民在自家院子里盖房，需按照当地规定，向相关部门（如村委会、乡镇政府等）提出建房申请，并经过审议、公示及审核等流程，取得乡村建设规划许可证或建设工程规划许可证等必要审批文件。这些手续是确保建房合法性的重要依据。
符合规划要求：
- 建设的房屋需严格遵守当地关于建筑面积、层数、高度等规划标准，不得超出规定范围。同时，房屋建设还需符合乡（镇）土地利用总体规划和村庄规划，不得占用永久基本农田等禁止建设的区域。
二、违法建房的情况
未经审批擅自建设：
- 无论在农村还是城市，未按照规定向相关部门提出申请并获得批准，即擅自开工建设，均属违法。这包括未取得乡村建设规划许可证或建设工程规划许可证等情况。此类行为可能面临责令停止建设、限期改正，甚至拆除违法建筑、罚款等处罚。
违反规划要求：
- 即使取得了审批，但若建设的房屋不符合当地的规划标准，如超出了规定的建筑面积、建筑高度或层数，也将被视为违法行为。此外，若建设行为影响了邻居的合法权益，如采光、通风等，也可能面临法律纠纷。
超出宅基地使用范围或改变土地用途：
- 若建设时超出了宅基地使用证规定的范围，占用了集体土地或公共空间，或改变了宅基地的居住用途（如用于非居住目的的建设），同样会被认定为违建。例如，将宅基地上的房屋用于开设工厂或商店等经营性活动，就可能改变土地用途，从而构成违法。
三、建议与指导
咨询相关部门：
- 在建房前，农民应主动向当地村委会、国土所等部门咨询，了解清楚建房的相关规定和审批流程。这有助于确保建房行为的合法性，并避免不必要的法律风险。
准备必要材料：
- 根据当地要求，农民需准备齐全的建房申请材料，并确保材料的真实性和有效性。这些材料可能包括身份证、户口本、宅基地使用证、建房申请书等。
严格遵守规定：
- 在建设过程中，农民应严格遵守当地的规划标准和法律法规，确保房屋建设合法合规。这包括遵守建筑面积、层数、高度等规划标准，以及不占用禁止建设的区域等。
及时处理纠纷：
- 若因建房行为引发邻里纠纷或法律纠纷，农民应及时寻求法律帮助和解决方案。这有助于维护自身合法权益，并避免纠纷进一步升级。
总结来说，农民在自家院子里盖房是否违法，关键在于是否满足当地的建房规定、审批程序以及是否符合规划要求。因此，在决定建房前，农民务必充分了解相关法律法规和政策要求，以确保建设行为的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。