建设单位可通过内部管理制度、合同条款约定及遵循法定程序等方式，明确规定工程建设变更的处理时效。具体可从以下角度展开分析：

一、通过内部管理制度明确处理时效

1. 制定变更管理流程：建设单位应制定详细的工程建设变更管理流程，明确变更申请、审核、批准、实施及验收等各个环节的责任主体、操作步骤及时间要求。例如，可以规定变更申请提交后，建设单位应在几个工作日内完成初步审核，并在多少个工作日内组织相关方进行会议讨论等。

2. 设定具体时效标准：在管理流程中，应设定具体的处理时效标准，如变更申请提交后的审核期限、批准期限、实施期限等。这些时效标准应根据工程项目的实际情况、变更的复杂程度及紧急程度等因素进行合理设定，以确保变更能够得到及时、有效的处理。

二、通过合同条款约定处理时效

1. 明确合同双方责任：在建设工程施工合同中，建设单位应与施工单位明确约定双方在工程建设变更中的责任和义务，包括变更的处理时效。例如，可以约定施工单位在收到变更通知后，应在多少个工作日内提出变更估价申请，建设单位应在收到申请后多少个工作日内完成审核等。

2. 设定违约责任条款：为确保合同双方能够按照约定的时效处理工程建设变更，建设单位应在合同中设定违约责任条款。如施工单位未按照约定时效提出变更估价申请或实施变更的，应承担相应的违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。

三、遵循法定程序及行业惯例

1. 遵守相关法律法规：在处理工程建设变更时，建设单位应遵守相关法律法规的规定，如《中华人民共和国民法典》、《中华人民共和国建筑法》等。这些法律法规对工程建设变更的处理程序、时效等方面可能有一定的规定，建设单位应予以遵守。

2. 参考行业惯例：在设定工程建设变更的处理时效时，建设单位还可以参考行业惯例和最佳实践。通过了解同行业其他企业在处理类似变更时的时效标准，建设单位可以更加合理地设定自己的处理时效，以提高管理效率和工程质量。