当案件被检察院二次退查后，其处理方式及后续流程需严格遵循《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释的规定。以下是对此问题的详细解答：
一、二次退查后的基本处理原则
在刑事诉讼中，检察院若认为公安机关移送的案件证据不足或存在其他需要补充侦查的情形，会决定将案件退回公安机关进行补充侦查，且补充侦查以二次为限。这是为了确保案件的证据确实、充分，从而保障司法公正。
二、公安机关的处理方式
补充侦查：
- 公安机关在接到检察院的退查决定后，应在一个月以内完成补充侦查工作。
- 补充侦查应针对检察院指出的证据不足或遗漏部分进行深入调查取证，确保案件事实清楚、证据确实充分。
重新移送审查起诉：
- 若经过二次补充侦查后，公安机关认为证据已经确实充分，应重新移送检察院审查起诉。
三、检察院的处理方式
提起公诉：
- 若检察院经审查认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，将作出起诉决定，向人民法院提起公诉。
不起诉决定：
- 法定不起诉：若发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实或存在《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一（如情节显著轻微、已过追诉时效等），检察院应作出不起诉决定。
- 存疑不起诉：若经过二次补充侦查后，检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应作出存疑不起诉决定。此时，若发现新的证据且符合起诉条件，检察院可以重新提起公诉。
- 酌定不起诉：对于犯罪情节轻微且依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的案件，检察院可酌情作出不起诉决定。
程序要求：
- 检察院需公开宣布不起诉决定书，并送达被不起诉人及其单位（如有）、被害人或其近亲属及其诉讼代理人、侦查机关。
- 被害人若不服不起诉决定，可在七日内向上一级检察院申诉；也可不经申诉直接向法院起诉。
四、特殊情形的处理
- 发现新犯罪事实的例外：
- 若在二次退侦后发现新的同案犯或新罪行，检察院可依法再次退回补充侦查或直接提起公诉。但需注意避免以“新事实”为由规避退侦次数限制。
五、后续法律救济途径
被害人的权利保障：
- 被害人可通过对不起诉决定提出申诉（七日内向上一级检察院）、直接向法院提起自诉（需符合自诉案件受理条件）或申请国家赔偿（若因错误羁押导致损害）等方式维护权益。
被不起诉人的权利救济：
- 被不起诉人若对被扣押财物处理有异议，可向检察院申请解除查封、扣押、冻结。
六、综合建议
加强沟通与协作：
- 检察官与公安机关办案人员之间的沟通与协作是确保案件顺利办理的关键。通过明确的退查原因和补充侦查提纲，可以提高补充侦查的针对性和效率。
严格遵守程序规定：
- 检察院和公安机关在处理案件时必须严格遵守相关法律法规和程序规定，确保案件的公正、合法、有效处理。
充分保障人权：
- 在刑事诉讼过程中，应充分保障犯罪嫌疑人的人权。对于不符合羁押条件的犯罪嫌疑人，应及时变更强制措施，确保其合法权益不受侵犯。
综上所述，检察院二次退查案件后的处理方式涉及多个法律要点和程序要求。在实际操作中，应严格遵守相关法律法规和程序规定，确保案件的公正、合法、有效处理，并充分保障犯罪嫌疑人和被害人的合法权益。