针对您提出的“违法转包分包提成款怎么处理”这一问题，我会从法律后果、处理流程以及可能涉及的赔偿责任三个方面，为您进行详细解答。

首先，从法律后果的角度来看，违法转包分包是明确被法律所禁止的行为。一旦被发现，相关部门会采取一系列严厉的处罚措施。这些措施包括但不限于：责令改正违法行为，即要求立即停止违法转包分包行为，并恢复原状；没收违法所得，也就是将通过违法转包分包所获得的提成款等非法收益予以收缴；并处罚款，根据违法情节的严重程度，处以相应数额的罚款；在情节严重的情况下，还可能责令停业整顿，降低资质等级，甚至吊销资质证书，这将对企业未来的经营产生重大影响。

其次，关于处理流程，一旦发现违法转包分包行为，相关部门会首先进行调查取证，确认违法事实。随后，会依法作出处罚决定，并通知违法企业或个人。在处罚决定生效后，违法企业或个人需要按照要求执行处罚，包括缴纳罚款、没收违法所得等。如果对处罚决定有异议，可以在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。

最后，从赔偿责任的角度来看，如果违法转包分包导致工程质量不符合规定标准，造成了损失，那么承包单位需要与接受转包的单位承担连带赔偿责任。这意味着，无论是承包单位还是接受转包的单位，都有可能因为违法转包分包行为而面临经济赔偿的风险。

综上所述，对于违法转包分包的提成款，一旦被发现，将面临没收违法所得、罚款等法律后果。同时，还可能涉及停业整顿、降低资质等级甚至吊销资质证书等更严重的处罚。此外，如果因此造成损失，还需要承担连带赔偿责任。因此，我建议您严格遵守相关法律法规，避免进行违法转包分包行为，以免给自己和企业带来不必要的法律风险和经济损失。