公司通常会在以下几种情况下立案调查员工：
涉嫌违法犯罪行为：
- 当公司有合理理由怀疑员工涉嫌贪污、受贿、挪用资金、职务侵占、泄露商业秘密等违法犯罪行为时，公司可能会启动内部调查程序，甚至向公安机关报案，由公安机关立案调查。这种情况下，调查的目的是为了收集证据，确定员工是否确实存在违法犯罪行为，并依法追究其法律责任。
严重违反公司规章制度：
- 如果员工的行为严重违反了公司的规章制度，如严重失职、营私舞弊、给公司造成重大损失等，公司可能会根据内部规定对员工进行调查。这种调查通常是为了了解事情的真相，确定员工的责任，并依据公司规章制度作出相应的处理决定，如警告、罚款、解雇等。虽然这种调查不属于法律意义上的“立案调查”，但它是公司内部管理的一种重要手段。
涉及经济纠纷或合同违约：
- 在某些情况下，员工可能因个人行为（如私自与客户签订合同、挪用公司资金等）导致公司面临经济纠纷或合同违约风险。为了维护公司的合法权益，公司可能会对员工进行调查，以了解事情的来龙去脉，收集证据，并考虑是否采取法律手段追究员工的责任。
内部审计或合规检查中发现异常：
- 公司在进行内部审计或合规检查时，如果发现员工的某些行为或交易存在异常，如频繁的大额资金流动、与关联方的异常交易等，公司可能会对这些异常情况进行深入调查。这种调查的目的是为了确保公司的财务和业务活动符合法律法规和内部规章制度的要求，防止潜在的风险和损失。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国刑法》等相关法律法规，员工应当遵守公司的规章制度和法律法规，不得从事违法犯罪行为或严重违反职业道德的行为。公司有权对员工的行为进行监督和管理，并在必要时采取调查措施。
- 法律建议：对于公司而言，在立案调查员工时，应当确保调查程序的合法性和合规性，尊重员工的合法权益，避免侵犯员工的隐私权、名誉权等。同时，公司应当建立健全的内部调查机制，明确调查的程序和标准，确保调查结果的客观性和公正性。对于员工而言，如果面临公司的调查，应当积极配合调查工作，如实说明情况，并提供相关证据。如果认为公司的调查行为侵犯了自己的合法权益，可以依法向相关部门投诉或寻求法律援助。
可能的法律后果：
- 如果员工确实存在违法犯罪行为或严重违反公司规章制度的行为，公司可能会依法解除劳动合同，并追究员工的法律责任。
- 如果公司的调查行为存在违法或不当之处，员工可能会依法向相关部门投诉或提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。
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