针对您提出的“代理公司废标怎么处理”的问题，这是一个涉及政府采购流程中废标后处理的重要环节。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确废标的原因。废标通常是因为招标过程中出现了不符合法定条件或招标文件要求的情况，导致采购人未能成功确定采购对象。废标并不意味着招标方式本身有问题，而可能是由于供应商资格条件设置过于苛刻、采购标准过高、信息披露不充分，或者存在影响采购公正的违法违规行为等。
在废标后，代理公司（作为采购人的代理人）应当根据废标的具体原因，采取以下处理措施：
重新组织招标：
- 除非采购任务被取消，否则废标后应当重新组织招标。
- 代理公司需要协助采购人重新调整供应商的资格条件，或者调整采购需求，重新制定招标文件。
- 重新招标时，应确保招标文件的合法性和合规性，避免再次出现废标情况。
处理违法违规行为：
- 如果废标是由于供应商的违法违规行为导致的，如提供虚假材料、串通投标等，代理公司应及时向采购人报告，并协助采购人向相关部门举报。
- 违法违规者将受到相应的惩罚，包括取消投标资格、罚款等。
经批准后采取其他采购方式：
- 如果因招标方式不适宜，确实需要采取招标以外的其他采购方式（如竞争性谈判、单一来源采购等），代理公司应协助采购人向地级以上人民政府财政部门或政府有关部门提出申请。
- 申请时应提供充分的理由和依据，说明为何需要采取其他采购方式。
- 未经批准，不得擅自改变采购方式。
加强内部管理和监督：
- 代理公司应加强内部管理，完善采购流程，确保招标活动的合法性和合规性。
- 同时，应加强对采购人的监督，防止采购人与供应商合谋废标等违法违规行为的发生。
在执行过程中，代理公司还需要注意以下几点：
- 及时沟通：与采购人保持密切沟通，及时了解废标原因和采购人的需求变化。
- 完善文件：根据废标原因，认真修改招标文件，确保文件的合法性和合规性。
- 配合调查：如果废标涉及违法违规行为，代理公司应积极配合相关部门的调查工作，提供必要的证据和资料。
综上所述，代理公司在废标后应根据具体情况采取相应的处理措施，确保采购活动的顺利进行和采购目标的实现。同时，代理公司也应加强内部管理和监督，提高采购活动的合法性和合规性。