针对您提出的“刑事案件中出生证明是以户口补办的，且不是原出生地补办的，是否合法”这一问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

首先，我们要明确的是，在刑事案件中，对犯罪嫌疑人、被告人的身份审查是至关重要的。这关乎到案件的准确、及时查明，以及犯罪嫌疑人、被告人身份的准确认定。根据“两高一部”联合印发的《关于健全对刑事案件犯罪嫌疑人、被告人身份审查工作机制的意见》，公安机关、人民检察院、人民法院在办理刑事案件时，都需要依法及时收集、固定、审查证明犯罪嫌疑人、被告人身份的证据。

对于出生证明这一关键证据，它通常用于证明一个人的出生日期、出生地以及父母信息等。在刑事案件中，如果犯罪嫌疑人、被告人的出生证明遗失或需要补办，他们确实有权在非原出生地补办户口，并同时补办出生证明（或相关户籍证明）。这是因为户籍管理已经实现了全国范围内的联网和通办，公民可以在经常居住地或其他符合规定的地方进行户口登记和补办相关证明。

重要的是，无论出生证明是在原出生地还是非原出生地补办的，只要该证明是依法定程序由有权机关出具，且内容真实、准确，那么它就是合法的，并可以作为刑事案件中证明犯罪嫌疑人、被告人身份的有效证据。公安机关、人民检察院、人民法院在审查这些证据时，会全面审查、综合认定，确保其真实性和合法性。

此外，如果户籍信息或居民身份证有疑问，相关机关还会调取犯罪嫌疑人、被告人户籍所在地公安机关出具的盖有户籍专用章并附照片的户籍证明，以及可能需要的居民户口簿、常住人口登记表等其他证据材料，以进一步核实身份。

综上所述，刑事案件中出生证明以户口补办的，且不是原出生地补办的，只要该证明是依法定程序由有权机关出具，内容真实、准确，那么它就是合法的，并可以作为证明身份的有效证据。