在交通事故中，若您被认定为工伤且对方负主责、您负次责，单位是否需要赔付取决于具体情况，但通常单位需承担工伤保险责任，同时您可向第三方（对方）追偿。以下从不同角度为您详细分析：
一、单位是否需要赔付的基本原则
工伤保险责任：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，职工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，应当认定为工伤。
- 在您的情况下，既然已经认定为工伤，那么单位就需要按照工伤保险的相关规定，承担工伤保险责任，包括支付工伤医疗费用、伤残津贴、一次性伤残补助金等。
第三方责任与工伤保险的竞合：
- 当工伤是由第三方（如交通事故中的对方）造成时，存在工伤保险责任与第三方侵权责任的竞合。
- 根据法律规定，您既有权获得工伤保险赔偿，也有权向第三方追偿。但工伤保险赔偿与第三方侵权赔偿在项目上可能存在重复，如医疗费等。在实际操作中，通常遵循“先工伤后侵权”的原则，即先通过工伤保险获得赔偿，不足部分再向第三方追偿。
二、具体赔付情况分析
单位赔付工伤保险责任：
- 单位需按照《工伤保险条例》的规定，为您申报工伤认定，并支付相应的工伤保险待遇。
- 这包括工伤医疗期间的工资福利、伤残津贴、一次性伤残补助金、一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金等（具体项目根据伤残等级确定）。
向第三方追偿：
- 由于对方在交通事故中负主责，您有权向对方及其保险公司追偿因交通事故造成的损失。
- 追偿的范围包括但不限于医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、营养费、残疾赔偿金、残疾辅助器具费、被扶养人生活费以及因康复护理、继续治疗实际发生的必要的康复费、护理费、后续治疗费等。
- 在追偿过程中，您需要注意保留相关证据，如交通事故认定书、医疗费用发票、伤残鉴定报告等。
单位与第三方的责任分担：
- 单位承担的是工伤保险责任，而第三方承担的是侵权责任。两者在法律上是独立的，不存在相互抵消或分担的问题。
- 但在实际操作中，如果工伤保险赔偿已经覆盖了您的部分损失，那么您在向第三方追偿时，可能需要扣除已经获得的工伤保险赔偿部分，以避免重复获赔。
三、特殊情况下的处理
单位未缴纳工伤保险：
- 如果单位未按照规定为您缴纳工伤保险，那么根据《工伤保险条例》的规定，单位需要承担全部的工伤保险责任。
- 在这种情况下，您仍然有权获得工伤保险待遇，但所有费用都需要由单位承担。
第三方无力赔偿：
- 如果对方在交通事故中无力赔偿您的损失，那么您仍然可以通过工伤保险获得相应的赔偿。
- 工伤保险的设计就是为了保障职工在遭受工伤时能够获得及时的救助和补偿，不受第三方赔偿能力的影响。
四、建议与注意事项
及时申报工伤：
- 在发生交通事故后，您应及时向单位报告，并由单位在规定时间内向社会保险行政部门申报工伤认定。
- 逾期申报可能会影响您获得工伤保险待遇的权利。
保留相关证据：
- 在处理交通事故和工伤赔偿过程中，您需要保留好所有相关证据，如交通事故认定书、医疗费用发票、伤残鉴定报告等。
- 这些证据将对您后续的工伤认定、伤残等级评定以及向第三方追偿等过程至关重要。
咨询专业律师（此处根据约束条件调整为）：
- 如果您在处理交通事故和工伤赔偿过程中遇到任何问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。
总结：在交通事故中，若您被认定为工伤且对方负主责、您负次责，单位通常需要承担工伤保险责任。同时，您也有权向第三方追偿因交通事故造成的损失。在处理过程中，您需要注意及时申报工伤、保留相关证据，并在必要时寻求专业律师的帮助。