二审自行和解后撤诉的，案件将按撤诉处理，一审判决视为撤销，当事人可重新达成和解协议并履行，若未履行则可依据新协议另行起诉。以下是详细分析：

1. 撤诉的法律效果
   根据《民事诉讼法》第173条及司法解释，二审中当事人达成和解后申请撤诉的，法院裁定准许后，一审判决即视为撤销。此时案件终结，原生效判决不再执行，双方权利义务回归至和解协议签订前的状态。但需注意：撤诉后当事人不得就同一事实和理由再次起诉，但若和解协议未履行或存在争议，可依据新协议另行主张权利。

2. 和解协议的效力与履行

   • 协议性质：和解协议本质为民事合同，对双方具有约束力。若协议内容合法且不损害第三方利益，法院通常认可其效力。
     
   • 履行风险：若一方未按协议履行，另一方可依据协议内容起诉要求履行或赔偿损失。此时需注意：和解协议与原诉讼标的可能存在差异，需明确诉讼请求范围（如是否包含违约金、利息等）。
     
   • 证据保留：建议将和解协议书面化，并保留履行凭证（如转账记录、交付凭证等），以备后续争议时举证。

3. 特殊情形处理

   • 和解协议涉及第三人：若协议内容涉及案外人权益（如债务转移、担保等），需经第三人书面同意，否则可能因主体不适格被驳回起诉。
     
   • 公共利益或强制规范：若和解协议违反法律强制性规定（如逃避税收、限制竞争等），法院可能依职权审查并否定其效力，此时当事人需重新通过诉讼解决争议。
     
   • 撤诉后反悔：撤诉裁定送达后，当事人原则上不得反悔。但若存在重大误解、欺诈、胁迫等情形，可在法定期限内申请再审或另行起诉撤销和解协议。

4. 实务建议

   • 协议条款细化：在和解协议中明确履行方式、期限、违约责任及争议解决方式（如仲裁或诉讼），减少后续纠纷。
     
   • 法院确认程序：若和解协议涉及复杂法律关系或高价值标的，可申请法院出具调解书，赋予其强制执行力。
     
   • 时效注意：撤诉后，诉讼时效重新计算，但需关注和解协议约定的履行期限，避免因超期丧失胜诉权。

总结：二审和解撤诉后，案件以撤诉方式终结，一审判决失效。当事人应优先通过履行和解协议解决争议，若协议未履行或存在瑕疵，可依据新协议另行主张权利。建议签订书面协议并保留证据，必要时通过法院确认程序强化效力。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。