针对您提出的“医师违反手术安全核查制度怎么处罚”的问题，这确实是一个涉及医疗质量和患者安全的重要议题。以下是我根据相关法律法规和制度要求，为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，手术安全核查制度是医疗机构为保障医疗质量和医疗安全而制定的一项重要制度。它要求手术医师、麻醉医师和手术室护士三方在麻醉实施前、手术开始前和患者离开手术室前，共同对患者身份和手术部位等内容进行核查，以确保手术的安全进行。

对于医师违反手术安全核查制度的行为，其处罚依据主要来源于《医疗纠纷预防和处理条例》等相关法律法规。根据这些规定，医疗机构及其医务人员在诊疗活动中应当严格遵守医疗卫生法律、法规、规章和诊疗相关规范、常规。如果医师未按规定实施手术安全核查制度，即构成了未按规定制定和实施医疗质量安全管理制度的违法行为。

对于这种违法行为，县级以上人民政府卫生主管部门有权责令改正，并给予警告，同时处以1万元以上5万元以下的罚款。具体的罚款数额会根据违法行为的性质、情节以及社会危害程度等因素进行综合考量。例如，如果医师的违法行为情节较轻，且未造成严重后果，可能会被处以较低的罚款；而如果违法行为情节严重，或者已经造成了患者损害等严重后果，那么罚款数额可能会相应增加。

此外，除了行政处罚外，医疗机构还可能会对违反手术安全核查制度的医师进行内部处理，如警告、记过、降职、解聘等。这些处理措施旨在强化医师的责任感和安全意识，防止类似事件的再次发生。

最后，我想强调的是，手术安全核查制度是保障患者安全的重要防线。医师作为医疗活动的主体，应当严格遵守这一制度，确保每一台手术都能安全、顺利地进行。同时，医疗机构也应当加强对手术安全核查制度的监督和管理，确保制度的得到有效执行。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。