核心结论：三个股东的公司若要通过内部协议将股权转让给法人（即公司法定代表人），需根据《公司法》及相关规定履行法定程序，否则可能因程序瑕疵导致转让无效或引发纠纷。以下是具体分析：

1. 股权转让的合法性前提

• 协议有效性：股权转让需基于全体股东真实意思表示，签订书面转让协议。若法人本身是股东之一，需明确其受让股权的意愿是否与其他股东协商一致。
• 优先购买权：根据《公司法》第71条，其他股东对转让股权享有优先购买权。若法人非唯一股东，需书面通知其他股东并征求同意，否则可能侵犯优先购买权，导致协议无效。

2. 内部决策程序要求

• 股东会决议：若转让涉及公司控制权变更或重大事项（如法人持股比例超过一定阈值），需召开股东会并经代表三分之二以上表决权的股东通过。
• 修改公司章程：股权结构变更后，需同步修改公司章程中股东姓名、出资额等条款，并办理工商变更登记。

3. 法人受让股权的特殊限制

• 竞业禁止与利益冲突：若法人同时担任公司董事或高管，需审查其受让股权是否违反竞业禁止义务或存在利益输送嫌疑，否则可能引发股东纠纷。
• 资本维持原则：法人受让股权需以合法对价支付（如货币、实物等），若以公司资产支付可能构成抽逃出资，损害债权人利益。

4. 实务操作建议

• 步骤一：全体股东签订《股权转让协议》，明确转让比例、价格、付款方式及违约责任。
• 步骤二：向其他股东发出书面通知，征询是否行使优先购买权，并保留书面回执。
• 步骤三：召开股东会形成决议，修改公司章程，并委托代表办理工商变更登记。
• 步骤四：若法人未实际支付对价，需在协议中约定分期付款或担保条款，降低法律风险。

5. 风险提示

• 程序瑕疵风险：未履行优先购买权通知义务或未召开股东会，可能导致转让被撤销。
• 税务合规风险：股权转让需按“财产转让所得”缴纳个人所得税，法人作为受让方需代扣代缴，否则可能面临税务处罚。

总结：股权转让给法人需严格遵循法定程序，建议提前审查公司章程是否有特殊约定，并委托律师起草协议、主持股东会，确保全程合规。若有具体协议条款或操作细节需进一步分析，可直接向我咨询。