手术后三年能否申请赔偿，需根据具体情况判断，主要取决于诉讼时效是否已过以及是否存在诉讼时效中断、中止的情形。以下从不同角度进行详细分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。在医疗纠纷中，患者因医疗损害要求赔偿的，通常适用这一三年的诉讼时效期间。
二、诉讼时效的起算点
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在医疗纠纷中，这通常意味着：
- 知道或应当知道损害事实：患者需要知道或应当知道自己因医疗行为受到了损害，这通常发生在手术后出现并发症、后遗症或病情恶化等情况下。
- 知道或应当知道义务人：患者还需要知道或应当知道造成损害的医疗机构或医务人员是谁。
如果手术后三年内，患者已经知道或应当知道上述两点，则诉讼时效可能已经过期。然而，如果存在以下情况，诉讼时效可能尚未过期或存在中断、中止的情形：
三、诉讼时效的中断与中止
诉讼时效中断：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百九十五条，有下列情形之一的，诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算：
- 权利人向义务人提出履行请求；
- 义务人同意履行义务；
- 权利人提起诉讼或者申请仲裁；
- 与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形。
- 如果患者在手术后三年内，曾向医疗机构提出赔偿请求，或医疗机构同意赔偿，或患者提起了诉讼或申请了仲裁，则诉讼时效会中断并重新计算。
诉讼时效中止：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百九十四条，在诉讼时效期间的最后六个月内，因下列障碍，不能行使请求权的，诉讼时效中止：
- 不可抗力；
- 无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人，或者法定代理人死亡、丧失民事行为能力、丧失代理权；
- 继承开始后未确定继承人或者遗产管理人；
- 权利人被义务人或者其他人控制；
- 其他导致权利人不能行使请求权的障碍。
- 如果患者在诉讼时效期间的最后六个月内，因上述原因无法行使请求权，则诉讼时效会中止，待中止原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
四、特殊情况下的诉讼时效
在某些特殊情况下，如患者因医疗损害导致长期昏迷、植物人状态等，无法行使请求权，诉讼时效可能会根据具体情况进行延长或特殊处理。
五、建议与行动
- 收集证据：如果患者认为自己在手术后因医疗损害受到了损失，并希望申请赔偿，应首先收集相关证据，包括医疗记录、诊断证明、费用清单等。
- 咨询专业律师：由于医疗纠纷涉及复杂的法律问题和医学知识，建议患者咨询专业律师，以评估案件的可行性和诉讼时效问题。
- 及时行动：如果诉讼时效即将过期或已经过期，但存在中断、中止的情形，患者应及时采取行动，如向医疗机构提出赔偿请求、提起诉讼或申请仲裁等，以维护自己的合法权益。
综上所述，手术后三年能否申请赔偿，需根据具体情况判断诉讼时效是否已过以及是否存在诉讼时效中断、中止的情形。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。