针对您提出的“医疗器械超范围经营二类怎么处罚，以及由哪个部门处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、处罚依据与部门

根据《医疗器械监督管理条例》及相关法律法规，未取得第二类医疗器械经营备案凭证而经营第二类医疗器械，或者超出备案范围经营第二类医疗器械的行为，均属于违法行为。此类违法行为的监管与处罚主要由药品监督管理部门（通常为地方市场监督管理局或药品监督管理局）负责。

二、处罚措施

1. 责令限期改正：

   • 药品监督管理部门会首先要求违法者在规定期限内完成第二类医疗器械经营备案的补办或调整经营行为至备案范围内，以确保经营行为的合法化。

2. 没收违法所得与物品：

   • 若在未备案或超范围经营期间有违法所得（即通过经营医疗器械获得的收入），这些收入将被依法没收。
   • 同时，未备案或超范围经营的第二类医疗器械产品，以及用于违法经营的工具、设备、原材料等物品，也将被依法没收。

3. 罚款：

   • 一般情况：
     • 货值金额不足1万元的，并处1万元以上3万元以下罚款。例如，若某企业超范围经营的未备案医疗器械货值5000元，则可能面临1万元至3万元的罚款。
     • 货值金额1万元以上的，并处货值金额3倍以上10倍以下罚款。如某企业违法经营的货值达5万元，则可能面临15万元至50万元的罚款。
   • 逾期不改正的情况：
     • 若违法者在规定期限内未完成改正，将面临5万元以上10万元以下的罚款。
     • 情节严重的，如多次违规、拒不改正或造成严重后果的，并处10万元以上20万元以下罚款。

三、合规建议

1. 严格遵循备案范围：确保仅经营已备案的第二类医疗器械，避免超范围经营。
2. 及时申请变更或补办备案：如需新增经营品种或调整经营范围，应及时向药品监督管理部门提交申请材料，经审核批准后方可开展。
3. 加强内部管理：定期自查经营行为是否合规，建立风险预警机制，确保经营活动的合法性和安全性。
4. 强化法律意识：组织相关人员学习医疗器械经营相关法律法规，明确违法后果，提高法律意识。

四、注意事项

• 超范围经营医疗器械不仅面临行政处罚，还可能引发医疗纠纷和刑事责任，因此务必严格遵守相关法律法规。
• 若因超范围经营导致患者损害或造成其他严重后果的，违法者还需承担相应的民事赔偿责任。
• 近年来，药品监督管理部门对医疗器械经营的监管力度不断加大，违规行为查处更为严格，因此建议企业务必合规经营。

综上所述，医疗器械超范围经营二类将面临严厉的处罚措施，主要由药品监督管理部门负责监管与处罚。为避免法律风险，建议企业严格遵守相关法律法规和规定，确保经营行为的合法性。