针对您提出的“超市卖二类医疗器械怎么处罚”的问题，以下是根据《医疗器械监督管理条例》及相关处理公告的详细解答：

首先，需要明确的是，根据《医疗器械监督管理条例》的规定，国家对医疗器械按照风险程度实行分类管理，其中第二类医疗器械是具有中度风险，需要严格控制管理以保证其安全、有效的医疗器械。经营第二类医疗器械，必须由经营企业向所在地设区的市级人民政府负责药品监督管理的部门备案，并提交符合条例规定条件的有关资料。

若超市未经备案擅自经营第二类医疗器械，如案例中提到的扶绥县即刻购便利店超市经营“玻璃体温计”的情况，就违反了上述规定。对于此类违法行为，负责药品监督管理的部门会采取以下措施：

1. 公告与责令改正：

   • 部门会向社会公告单位和产品名称，明确指出其违法行为。
   • 同时，下达《责令改正通知书》，要求超市立即停止违法行为，并在规定期限内完成备案手续。

2. 罚款与没收：

   • 若超市逾期不改正，部门将没收其违法所得以及违法生产经营的医疗器械。
   • 对于违法生产经营的医疗器械货值金额不足1万元的，并处1万元以上5万元以下罚款；货值金额1万元以上的，并处货值金额5倍以上20倍以下罚款。

3. 对责任人员的处罚：

   • 若情节严重，部门还会对违法单位的法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他责任人员采取进一步措施，包括没收其在违法行为发生期间自本单位所获收入，并处所获收入30%以上2倍以下罚款。
   • 同时，5年内禁止这些责任人员从事医疗器械生产经营活动。

4. 构成犯罪的依法追究刑事责任：

   • 若超市的违法行为构成犯罪，如生产、销售伪劣产品等，将依法追究其刑事责任。

综上所述，超市未经备案擅自经营第二类医疗器械将面临严重的法律后果，包括公告、责令改正、罚款、没收违法所得和医疗器械，以及对责任人员的处罚。因此，建议超市在经营第二类医疗器械前，务必按照相关规定进行备案，确保合法合规经营。