明确结论：未办理医疗器械二类备案而经营二类医疗器械，属于违法行为，将依法面临责令限期改正、没收违法所得与物品以及罚款等处罚措施。
一、法律依据
这一违法行为主要违反了《医疗器械监督管理条例》的相关规定。具体来说，该条例明确要求从事第二类医疗器械经营的企业或个人，必须向所在地设区的市级人民政府负责药品监督管理的部门进行备案。未按照此规定进行备案即开展经营活动，将构成违法，并需承担相应的法律责任。
二、处罚措施详解
责令限期改正与公告：
- 药品监督管理部门在发现违法行为后，会首先向社会公告违法单位和产品名称，并责令其在规定期限内完成第二类医疗器械经营备案，使经营行为合法化。
没收违法所得与物品：
- 若在未备案期间有违法所得（即通过经营医疗器械获得的收入），将被依法没收。
- 同时，未备案的第二类医疗器械产品、用于违法经营的工具、设备、原材料等物品也将被依法没收。
罚款：
- 一般情况：
- 违法经营的医疗器械货值金额不足1万元的，并处1万元以上5万元以下罚款。例如，某小型企业经营的未备案医疗器械货值5000元，可能面临1万元至5万元罚款。
- 货值金额1万元以上的，并处货值金额5倍以上20倍以下罚款。如某企业违法经营的货值达5万元，则可能面临25万元至100万元罚款。
- 逾期不改正的情况：
- 若在责令限期改正后仍未改正，将面临更严厉的罚款，处5万元以上10万元以下罚款。
- 情节严重的，并处10万元以上20万元以下罚款，甚至可能面临停产停业、吊销经营许可证等更严重的处罚。
三、额外法律后果
- 对责任人员的处罚：对于违法单位的法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他责任人员，还可能面临没收违法行为发生期间自本单位所获收入，并处所获收入30%以上2倍以下罚款的处罚，且5年内禁止其从事医疗器械生产经营活动。
- 信用记录影响：违法行为还可能被记入信用记录，对企业的声誉和未来的经营活动产生负面影响。
四、建议与应对措施
- 立即整改：若已发现存在未备案经营二类医疗器械的行为，应立即停止违法行为，并尽快向所在地设区的市级人民政府负责药品监督管理的部门进行备案。
- 加强合规管理：建立健全的内部合规体系，加强员工培训，提高法律意识，确保所有经营活动都符合相关法律法规的要求。
- 寻求法律帮助：若对备案流程或相关法律法规有疑问，可直接向我咨询，以获取更具体的法律指导和帮助。
总结：未办理医疗器械二类备案而经营二类医疗器械是严重的违法行为，将面临严厉的行政处罚。因此，建议所有从事医疗器械经营的企业或个人，务必严格遵守相关法律法规，确保经营行为的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。