结论：女方在知道男方婚内出轨并协议离婚后，仍然有可能起诉男方，但具体能否起诉以及起诉的依据和结果，需根据实际情况和法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、基于离婚协议的起诉
离婚协议的效力：
- 离婚协议是双方自愿达成的，关于解除婚姻关系、子女抚养、财产分割等问题的协议。一旦双方办理了离婚登记，离婚协议即产生法律效力，对双方具有约束力。
起诉的可能性：
- 如果男方在离婚协议中承诺了某些义务（如支付抚养费、财产分割等），但事后未履行，女方有权依据离婚协议向法院提起诉讼，要求男方履行义务。
- 如果离婚协议中存在欺诈、胁迫等情形，导致女方在违背真实意愿的情况下签订了协议，女方也有权在法定期限内（一般为一年）向法院提起诉讼，请求撤销或变更离婚协议。
二、基于出轨行为的起诉
出轨行为的法律性质：
- 出轨行为本身并不直接构成法律上的过错，除非出轨行为达到了重婚或与他人同居的程度，此时可能构成法律上的过错，并影响财产分割和损害赔偿的请求。
起诉的可能性：
- 如果男方在婚姻关系存续期间与他人重婚或同居，女方在离婚后发现这一事实的，仍然有权向法院提起诉讼，要求男方承担损害赔偿责任。但需要注意的是，这种诉讼通常需要在离婚后一定期限内（如一年）提出，且需要提供充分的证据证明男方的过错行为。
- 如果出轨行为并未达到重婚或同居的程度，女方可能无法直接基于出轨行为提起诉讼要求损害赔偿。但女方可以在离婚时或离婚后，通过协商或诉讼的方式，争取在财产分割上获得更多的份额，以体现对过错方的惩罚和对无过错方的补偿。
三、其他可能的起诉情形
- 如果男方在离婚后存在其他违法行为（如隐藏、转移、变卖、毁损夫妻共同财产等），女方也有权向法院提起诉讼，要求重新分割财产或追究男方的法律责任。
法律建议
- 保留证据：如果女方打算起诉男方，应尽可能保留与出轨行为、离婚协议等相关的证据，如聊天记录、照片、视频、离婚协议原件等。
- 咨询专业律师：由于法律问题具有复杂性和专业性，建议女方在起诉前咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能的结果，以便做出更明智的决策。
- 注意诉讼时效：如果女方打算基于离婚协议或出轨行为提起诉讼，应注意诉讼时效的问题，避免错过最佳的诉讼时机。
总结：女方在知道男方婚内出轨并协议离婚后，仍然有可能起诉男方，但具体能否起诉以及起诉的依据和结果需根据实际情况和法律规定来综合判断。如果女方有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。