公司合同的盖章部门通常取决于公司的内部管理规定和合同类型，但一般来说，公司合同应加盖公司公章或合同专用章。以下是对此问题的详细分析：

一、盖章的基本原则

1. 公司公章：公司公章是公司对外行使权力和承担法律责任的象征，具有最高的法律效力。在签订公司合同时，加盖公司公章是最常见且稳妥的做法。

2. 合同专用章：合同专用章是专门用于签订各类合同的印章，其法律效力与公司公章在签订合同方面具有同等效力。如果公司设有合同专用章，也可以用于签订公司合同。

二、不同情况下的盖章要求

1. 一般公司合同：

   • 优先使用公司公章或合同专用章。
   • 在得到公司明确授权的情况下，某些部门章（如法务部章、业务部章等）也可能被用于特定类型的合同，但这种情况较为少见，且需确保部门章已经过公安机关备案并公示。

2. 特定类型合同：

   • 对于某些特定类型的合同，如劳动合同、租赁合同等，可能涉及特定的盖章要求。例如，劳动合同通常应加盖公司公章或人事部门章（在得到公司授权的情况下）。
   • 对于涉及重大交易或法律风险的合同，公司可能会要求法务部门参与审核，并在合同上加盖法务部门章或由法务部门负责人签字确认。

三、盖章的注意事项

1. 印章的合法性：无论使用哪种印章，都必须确保其合法性。未经备案或公示的印章在法律上可能不被认可，这将直接影响合同的效力。

2. 盖章流程：

   • 盖章流程因公司规模、内部结构等因素而异。通常，合同会先由相关部门（如业务部、法务部）进行审核，然后提交给公司高层或授权人员审批，最后由印章管理部门（如行政部、办公室）加盖印章。
   • 在大型企业或机构中，法务部门可能扮演更重要的角色，参与合同的审核和盖章过程，以确保合同的合法性和有效性。

3. 合同的生效条件：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同需由双方当事人协商一致，并在合同文本上签字或盖章后生效。因此，双方应确保签字或盖章的真实性和合法性，以保障各自的权益。

四、建议与结论

1. 建议：

   • 在签订公司合同时，优先选择加盖公司公章或合同专用章，以确保合同的合法性和有效性。
   • 如果涉及特定类型的合同或重大交易，建议咨询公司法务部门或专业律师的意见，以确保合同的条款和盖章流程符合法律法规的要求。

2. 结论：公司合同的盖章部门并非固定不变，而是取决于公司的内部管理规定和合同类型。在大多数情况下，公司合同应加盖公司公章或合同专用章。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。