结论前置：员工违反公司制度罚款的法律依据和法律效力需分情况讨论，我国现行法律体系下，公司直接对员工进行罚款的合法性存在严格限制，具体分析如下：

一、法律依据的严格限制

1. 《劳动合同法》的禁止性规定
   根据《劳动合同法》第九十条，用人单位仅在劳动者存在“违反本法规定解除劳动合同”“违反保密义务或竞业限制”两种情形时，可要求赔偿损失。法律未赋予用人单位对员工一般违纪行为直接罚款的权力。
   例外情形：若员工因故意或重大过失造成公司经济损失，公司可依据《工资支付暂行规定》第十六条，按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。

2. 地方性法规的补充规定
   部分地区（如深圳）在《企业工资支付条例》中明确，用人单位不得克扣员工工资，但可要求员工赔偿经济损失。即使如此，罚款仍需以“实际损失”为前提，且需通过劳动仲裁或诉讼程序主张，而非单方扣款。

二、公司罚款的常见形式及法律效力

1. 直接扣减工资的效力

   • 无效情形：若公司规章制度未明确约定罚款条款，或罚款金额超出法定比例（如超过月工资20%），员工可依据《劳动合同法》第三十八条主张“未及时足额支付劳动报酬”，要求解除合同并索赔经济补偿。
     
   • 有效情形：仅当公司能证明员工行为导致实际损失，且罚款金额符合比例限制时，扣款行为可能被认可，但需通过司法程序确认。

2. 通过绩效考核扣分的间接罚款
   若公司通过调整绩效考核分数间接影响奖金发放，需满足以下条件：

   • 规章制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论）；
     
   • 内容合法且向员工公示；
     
   • 考核标准与员工行为具有直接关联性。
     风险提示：若考核标准模糊或滥用，员工可主张制度无效，要求补发奖金。

三、实务建议

1. 对公司的建议

   • 避免使用“罚款”表述，改用“违约金”或“损失赔偿”（需符合《劳动合同法》第二十二条、第二十三条关于服务期和竞业限制的规定）；
     
   • 在规章制度中明确“损失计算标准”，并保留员工签字确认的证据；
     
   • 优先通过协商、警告等方式处理违纪行为，降低法律风险。

2. 对员工的建议

   • 核查公司规章制度是否经民主程序制定并公示；
     
   • 保留工资条、扣款通知等证据；
     
   • 若认为罚款违法，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张补发工资及经济补偿。

总结：公司直接罚款的合法性极低，实务中更倾向于通过制度设计间接约束员工行为。若您遇到具体扣款纠纷，可直接向我咨询，我会结合地方规定和案件细节为您分析维权路径。