在离婚案件中，当夫妻双方有两个孩子且女方提出离婚时，法院对于孩子抚养权的判决会遵循一系列明确的原则和考虑因素，核心目标是确保最终决策最有利于未成年子女的健康成长。以下是对此问题的详细解答：
一、总体原则
法院在判决孩子抚养权时，首要遵循的是“最有利于未成年子女”或“有利于子女健康成长”的原则。这意味着法院会全面评估父母双方的条件，包括经济状况、居住条件、工作稳定性、教育背景、道德品质等，以确定哪一方能为孩子提供更稳定、更有爱的成长环境。
二、按年龄划分的具体规定
不满两周岁的子女：
- 根据《民法典》的相关规定，原则上由母亲直接抚养。这是因为在这个年龄段，孩子通常更需要母亲的照顾和关爱。
- 特殊情况包括母亲患有久治不愈的传染性疾病、有抚养条件不尽抚养义务、或其他原因导致子女不宜随母生活时，父亲请求直接抚养的，人民法院会予以支持。
已满两周岁不满八周岁的子女：
- 父母双方对抚养问题协议不成的，法院将综合考虑双方的经济状况、居住条件、工作稳定性、教育背景等因素，以判断哪一方能提供更好的生活和教育条件。
- 法院还会考察孩子长期跟随哪一方生活，以及谁与孩子建立了更紧密的情感联系，即谁是主要照顾者。保持孩子稳定的生活环境通常被视为重要因素。
已满八周岁的子女：
- 应当尊重其真实意愿。法院会通过谈话等方式了解孩子的意愿，但也会结合其他因素进行综合判断，如孩子的年龄、性别、生活环境等。
三、特殊情况
- 在有两个孩子的情况下，法院可能会为了平衡双方权益和满足孩子的情感需求，判决父母双方各自抚养一个孩子。这取决于父母双方的具体情况和孩子的实际需求。
- 如果一方存在明显不适合抚养孩子的情形，如严重精神疾病、虐待孩子、有严重不良嗜好等，法院可能将两个孩子的抚养权都判给另一方。
四、其他重要事项
- 抚养费与探视权：不直接抚养孩子的一方需要支付抚养费，数额根据孩子的实际需要、父母的负担能力和当地生活水平确定。同时，不直接抚养孩子的一方享有探视权，另一方有协助的义务。
- 抚养权的变更：随着时间的推移和实际情况的变化，抚养权是可以根据法律规定进行变更的。如果一方的情况发生显著变化，或者孩子的需求发生变化，可以向法院申请变更抚养权。
五、建议
每个家庭的情况都是独特的，因此具体的判决结果会因案而异。如果您正面临此类问题，建议及时寻求专业律师的帮助。律师可以根据您的具体情况和当地法律法规，为您提供更详细、更具体的法律建议，帮助您更好地了解自身权益和责任，为孩子争取到最佳结果。