在车辆与电动自行车发生事故，机动车被认定次责的情况下，修车费用一般由双方按照责任比例分担，机动车方需承担自己修车费用中次责对应的部分，同时可能需承担电动自行车方损失中次责对应的部分；若机动车方有车损险，则保险公司会在保险范围内赔付机动车方的修车费用。以下是对此问题的详细分析：
一、责任比例与费用分担
责任比例确定：
- 交通事故责任认定是由交警部门根据事故现场情况、双方行为及过错程度等因素综合判断后作出的。机动车被认定次责，意味着在事故中承担次要责任，通常责任比例可能为30%、40%等，具体比例需根据事故认定书确定。
费用分担原则：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，交通事故造成的损失应由责任方按照责任比例分担。因此，机动车方需承担自己修车费用中次责对应的部分，同时，如果电动自行车方也有损失（如车辆损坏、人身伤害等），机动车方也需按照责任比例承担电动自行车方损失中次责对应的部分。
二、保险赔付情况
机动车方车损险：
- 如果机动车方购买了车损险，那么修车费用中机动车方应承担的部分（即次责对应的部分）可以由保险公司赔付。但需注意，保险公司赔付的范围和限额需根据保险合同确定。
电动自行车方保险：
- 如果电动自行车方也购买了相关保险（如第三者责任险），那么其损失中应由机动车方承担的部分（即次责对应的部分）可能也可以由电动自行车方的保险公司赔付。但这种情况相对较少，因为电动自行车通常不强制购买保险。
三、实际操作建议
保留证据：
- 发生事故后，双方应保留好事故现场照片、交警认定书、修车发票等证据，以便后续处理。
协商处理：
- 双方可以首先尝试协商处理修车费用的分担问题。如果协商不成，可以寻求交警部门或第三方调解机构的帮助。
法律途径：
- 如果协商和调解均无法达成一致，双方可以通过法律途径解决纠纷。机动车方可以向法院提起诉讼，要求电动自行车方按照责任比例承担修车费用；同时，如果机动车方有车损险，也可以向保险公司申请赔付。
四、特殊情况说明
- 如果电动自行车方在事故中存在严重过错（如闯红灯、逆行等），且机动车方已尽到合理的注意义务，那么机动车方的责任比例可能会相应降低，甚至可能不承担责任。但这种情况需根据具体事故情况和交警认定书来确定。
温馨提示：在处理交通事故时，建议双方保持冷静和理性，通过合法途径解决纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。