物流承运无合格证、无车辆发票的车辆是不合法的，以下从不同角度为你详细分析：

1. 从车辆合法性角度
   合格证是车辆合法生产、符合国家安全技术标准的重要证明文件，车辆发票则是车辆交易、所有权转移的法定凭证。没有合格证，无法证明车辆是合法生产且符合上路标准；没有车辆发票，车辆来源的合法性存疑，可能涉及走私、盗抢等非法情形。物流企业承运这样的车辆，实际上是在协助运输可能存在严重违法问题的货物，违反了相关法律法规对货物合法性的基本要求。

2. 从物流运输合规角度
   物流企业在承接运输业务时，有义务对所承运的货物进行必要的审查，确保货物来源合法、手续完备。承运无合格证、无车辆发票的车辆，物流企业未尽到合理的审查义务，可能面临行政处罚。根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关规定，物流企业若违反规定运输货物，交通运输管理部门有权责令改正，处以罚款等行政处罚措施。

3. 从法律责任风险角度
   如果所承运的无合格证、无车辆发票的车辆后续被查出存在严重违法问题，如走私、盗抢等，物流企业可能因承运该车辆而被牵连进相关的法律纠纷中。不仅要承担行政责任，还可能因涉及共同违法或帮助犯罪等情形，面临刑事责任的追究，给企业带来巨大的法律风险和经济损失。

所以，物流企业应严格遵守法律法规，拒绝承运无合格证、无车辆发票的车辆，以避免不必要的法律风险和损失。如果你还有其他关于物流运输法律方面的问题，欢迎随时向我咨询。