关于农村土地确权合同证的办理问题，这确实是一个涉及多个部门协作的综合性工作，但我可以为您明确主要的办理方向和流程。

首先，农村土地确权证的办理主要由农村农业部门和国土资源管理部门（及其下属的土地行政主管部门）负责。其中，农村农业部门在多数地区承担着农村土地承包经营确权登记颁证工作的组织和实施职责，包括调查核实土地承包关系、承包面积等，并最终核发农村土地承包经营权证。而国土资源管理部门则提供基础的土地测绘数据、土地利用现状等资料，为准确确定土地的位置、界限等提供技术支持。

具体到您的问题，农业局（即农村农业部门）是参与农村土地确权证办理的重要部门之一。不过，需要注意的是，实际办理过程中可能还需要与国土资源管理部门、乡镇人民政府以及村集体经济组织或村民委员会等多个部门进行协作。

办理流程大致如下：

1. 提出申请：您需要向当地的自然资源部门（或国土资源部门，具体名称可能因地区而异）提出申请，并提交相关材料，如土地权属来源证明、土地承包合同等。

2. 审核材料：相关部门工作人员会对您的申请材料进行严格审核，核实土地的相关信息和权属情况。

3. 实地勘察：如果申请材料齐全且符合规定，将进入实地勘察阶段。相关部门会组织人员对土地的实际情况进行勘查和测量，以确保信息的准确性。

4. 颁发证书：经过审核、勘察等环节后，对于符合条件的土地，相关部门将依法颁发土地确权证。

在办理过程中，您需要注意以下几点：

• 确保提交的材料真实、完整、有效，以避免因材料问题导致的办理延误或失败。
• 如果遇到材料缺失、权属争议等问题，应及时与相关部门沟通，了解具体情况并按照要求补充材料或解决争议。
• 土地确权应坚持“主体平等”和“村民自治”原则，确保所有相关主体的权益得到平等保护，并让村民参与到土地确权的过程中来。

综上所述，虽然农业局是参与农村土地确权证办理的重要部门之一，但实际办理过程中还需要与多个部门进行协作。希望这些信息能对您有所帮助，如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。