针对您提出的事业单位如果有两个名称，合同专用章是否可以通用的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，事业单位的印章管理，包括合同专用章，是受到严格规定的。根据国务院发布的《关于国家行政机关和企业事业单位社会团体印章管理的规定》，事业单位的印章，包括其合同专用章，应当与其法定名称相一致。这是为了确保印章的权威性和合法性，防止因印章使用不当而引发的法律纠纷。

对于事业单位有两个名称的情况，如果这两个名称都是其法定名称，并且都经过了相关部门的正式登记和备案，那么理论上，针对这两个名称，事业单位可以分别刻制对应的合同专用章。但是，这并不意味着这两个合同专用章可以随意通用。

在实际操作中，合同专用章的使用应当与其所代表的合同内容、合同双方以及合同签订的具体情境紧密相关。如果两个名称代表的是事业单位的不同部门、不同业务或者不同法人实体（在事业单位存在多个法人实体的情况下），那么使用对应的合同专用章将更为恰当和合法。这是因为不同的合同专用章可能承载着不同的法律责任和义务，随意通用可能会导致法律风险的增加。

此外，即使两个名称都是事业单位的法定名称，且没有上述的区分情况，从规范管理和风险防控的角度出发，也建议事业单位在签订合同时，根据合同的具体内容和签订情境，选择使用对应的合同专用章，而不是随意通用。

最后，需要强调的是，事业单位在使用合同专用章时，必须严格遵守相关的法律法规和内部管理制度，确保印章的使用合法、合规、安全。如果因印章使用不当而引发法律纠纷或造成经济损失，事业单位及其相关责任人可能会承担相应的法律责任。

综上所述，事业单位如果有两个名称，其合同专用章并不建议随意通用。而是应当根据合同的具体内容和签订情境，选择使用对应的合同专用章，以确保合同的合法性和有效性。