针对您提出的事业单位如果有两个名称是否可以有两个名称的合同专用章的问题，这主要涉及到事业单位印章管理的相关规定。
首先，我们需要明确的是，根据《国务院关于国家行政机关和企业事业单位社会团体印章管理的规定》，事业单位的印章，包括其合同专用章，应当与其法定名称相一致。这是为了确保印章的合法性和有效性，避免因为名称不一致而引发的法律纠纷。
对于事业单位拥有两个名称的情况，这通常是因为事业单位在历史沿革、业务范围调整或机构改革等过程中，可能保留了原有的名称，同时又获得了新的名称。然而，这并不意味着事业单位可以随意刻制与其所有名称相对应的合同专用章。
实际上，事业单位在刻制合同专用章时，应当遵循以下原则：
合法性原则：合同专用章的名称必须与事业单位的法定名称一致，不能随意增减或更改。
唯一性原则：尽管事业单位可能拥有多个名称，但在刻制合同专用章时，通常只选择其中一个作为印章名称，以确保印章的唯一性和辨识度。
审批原则：事业单位在刻制合同专用章前，需要经过本单位领导的批准，并按照相关规定到当地公安机关指定的刻章单位进行刻制。
因此，事业单位即使拥有两个名称，也不能随意刻制两个名称的合同专用章。如果确实需要使用不同名称的印章，建议事业单位通过合法途径进行名称变更或申请刻制其他类型的专用印章（如财务专用章、业务专用章等），并在使用前确保这些印章已经过相关部门的审批和备案。
最后，我想强调的是，事业单位在印章管理方面应当严格遵守国家法律法规和相关规定，确保印章的合法、有效和安全使用。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询相关部门或专业人士。