取保候审超期后，公安机关收取的保证金原则上应当退还，但需根据具体情形履行法定程序。以下是具体分析：

1. 保证金退还的法定条件
   根据《刑事诉讼法》第73条及《公安机关办理刑事案件程序规定》第97条，取保候审解除后，公安机关应退还保证金。若法院决定的取保候审已超期（即超过12个月），属于法定解除情形，公安机关必须退还保证金，无论案件是否终结。
   例外情形：若被取保候审人违反《刑事诉讼法》第71条的规定（如未经批准离开居住地、干扰证人作证等），公安机关可没收部分或全部保证金，但需经县级以上公安机关负责人批准，并出具《没收保证金决定书》。

2. 超期后的处理流程

   • 第一步：确认超期事实
     取保候审期限最长为12个月（法院决定的取保候审同样适用此期限），若超过该期限，即构成超期。此时，被取保候审人或其家属可向公安机关提出解除取保候审并退还保证金的申请。
   • 第二步：公安机关审查
     公安机关需在3日内审查是否存在违反取保候审规定的情形。若无违规，应立即解除取保候审并退还保证金；若存在违规，需依法作出没收决定。
   • 第三步：退还或没收执行
     退还时，公安机关应填写《退还保证金决定书》，并通知银行将保证金退还至指定账户；没收时，需向被取保候审人送达《没收保证金决定书》，并告知其有权申请复议或提起诉讼。

3. 若公安机关未依法退还怎么办？

   • 行政复议：被取保候审人可在收到《没收保证金决定书》之日起60日内，向作出决定的公安机关的上一级机关申请复议。
     
   • 行政诉讼：若对复议结果不服，可在收到复议决定之日起15日内向法院提起行政诉讼。
     
   • 投诉举报：若公安机关未作出任何决定，可向其上级机关或同级检察院投诉，要求监督处理。

温馨提示：若您遇到此类情况，建议先与公安机关沟通确认是否已启动退还程序，并保留好取保候审决定书、保证金缴纳凭证等材料。如有争议，可随时向我咨询具体操作流程。