结论：在您已经与商家私下协商并还款后，商家仍不撤诉，您可以通过积极应诉、与商家再次沟通或申请法院调解等方式来应对。

详细分析：

1. 积极应诉：

   • 既然商家已经提起了民事诉讼，并且您已经收到了法院的传票或相关法律文书，那么您应当积极准备应诉材料，包括还款凭证、协商记录等，以证明您已经履行了还款义务。
   • 在应诉过程中，您可以向法院说明您与商家已经私下协商并还款的情况，请求法院根据实际情况作出公正判决。

2. 与商家再次沟通：

   • 尽管您已经还款，但商家可能由于各种原因（如内部流程、信息传递不畅等）未及时撤诉。您可以尝试与商家再次沟通，明确告知其您已经还款，并请求其尽快向法院申请撤诉。
   • 在沟通时，您可以保留好沟通记录，如聊天记录、电话录音等，以备不时之需。

3. 申请法院调解：

   • 如果商家坚持不撤诉，您可以在应诉过程中向法院申请调解。法院会组织双方进行调解，试图达成和解协议。
   • 如果调解成功，双方可以签订和解协议，并由法院出具调解书。调解书具有法律效力，一旦双方履行完毕，案件即告终结。

4. 法律后果与风险提示：

   • 如果商家最终胜诉，而您未能提供充分证据证明已经还款，那么您可能需要承担还款责任以及可能的诉讼费用、利息等额外费用。
   • 因此，建议您在应诉过程中务必提供充分的证据来证明自己的还款行为，以避免不必要的法律风险。

行动建议：

• 立即整理所有与还款和协商相关的证据材料，包括还款凭证、聊天记录、电话录音等。
• 尽快与商家取得联系，明确告知其您已经还款，并请求其撤诉或配合法院调解。
• 如果商家不配合或无法联系，及时向法院提交应诉材料，并积极参与诉讼过程。
• 在整个过程中，保持冷静和理性，避免与商家发生不必要的争执或冲突。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。