公司确实可以在符合一定条件和程序的情况下起诉政府主管部门。这一结论主要基于《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，以下从多个角度进行详细分析：
可以起诉的情形与条件
具体行政行为侵犯合法权益：
- 当政府主管部门作出的具体行政行为，如行政处罚（罚款、吊销许可证等）、行政强制措施（查封、扣押等）、行政许可行为（不予受理或拖延办理许可申请）以及行政征收、征用及补偿决定等，若这些行为违法或不当，并侵犯了公司的合法权益，公司则有权提起行政诉讼。
- 关键点：公司必须与被诉行政行为有直接利害关系，且诉讼请求应明确、具体，事实根据应真实、充分。
行政机关不作为：
- 若政府主管部门不履行法定职责，或不依法发放抚恤金、最低生活保障费等，导致公司合法权益受损，公司同样可以起诉。
- 举例：如公司申请某项行政许可，但政府主管部门长期拖延不办，且无正当理由，公司即可考虑提起行政诉讼。
被告明确：
- 被告必须是作出被诉行政行为的行政机关。通常，政府“部门”不能单独成为行政诉讼的被告，而是以该政府为被告，但如某公安局、某房屋管理局等具体行政部门则一般可以作为被告。
- 关键点：在起诉时，公司需明确被告的具体名称和地址，以确保诉讼的顺利进行。
属于人民法院受理行政诉讼的范围和受诉人民法院管辖：
- 被诉行政行为必须是可诉的，且起诉必须向有管辖权的人民法院提出。
- 关键点：公司需了解并遵守相关管辖规定，以确保诉讼的合法性和有效性。
不可以起诉的情形
- 抽象行政行为：如行政法规、规章等，通常不能直接起诉。
- 内部行政行为：如行政机关对工作人员的内部奖惩、任免等，不属于行政诉讼受案范围。
- 行政调解行为：行政机关在民事纠纷中的调解行为，不具有强制执行力，不能提起行政诉讼。
- 法律规定的其他情形：其他明确不属于行政诉讼受案范围的行为。
起诉政府主管部门的程序
提交起诉状：
- 公司需向人民法院提交书面起诉状，并按被告人数提出副本。起诉状应载明原告、被告的基本信息，诉讼请求，事实和理由等内容。
法院审查受理：
- 人民法院会对起诉状进行审查。符合起诉条件的，七日内立案并通知当事人；不符合条件的，七日内作出裁定书，不予受理。
开庭审理：
- 案件受理后，人民法院会组成合议庭，公开开庭审理。公司和被告需按时到庭，按照法庭规则进行举证、质证和辩论。
作出判决：
- 审理结束后，人民法院会根据查明的事实和适用的法律，依法作出判决。公司对判决不服的，可以在法定期限内提起上诉。
法律建议
- 充分准备证据：在提起行政诉讼前，公司应充分准备相关证据，以证明政府主管部门的行政行为违法或不当，并侵犯了公司的合法权益。
- 咨询专业律师：虽然我作为董飞律师可以为你提供法律咨询，但行政诉讼涉及复杂的法律程序和实体问题，建议公司在提起诉讼前咨询专业律师，以确保诉讼的顺利进行和合法权益的有效维护。
- 遵守法律程序：在提起行政诉讼时，公司应严格遵守相关法律程序，确保诉讼的合法性和有效性。
综上所述，公司在认为自身权益受到政府主管部门侵犯时，只要满足一定的条件和程序要求，就有权依法提起诉讼以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。