公司起诉政府部门可能面临的后果，需结合具体案情、诉讼类型及司法实践综合判断，但总体可从法律程序、实体结果、社会影响三个维度分析：
一、法律程序层面：诉讼可能被受理，但需满足法定条件
根据《行政诉讼法》第二条、第十二条，公司若认为政府部门的行政行为（如行政处罚、行政许可、行政强制等）侵犯其合法权益，有权向法院提起行政诉讼。但需注意：
- 起诉条件严格：需证明行政行为存在（如收到处罚决定书）、与公司存在利害关系（如处罚直接影响经营）、未超过6个月起诉期限（自知道行政行为之日起算）。若证据不足或超过期限，法院可能裁定不予立案或驳回起诉。
- 诉讼类型影响程序：若起诉的是政府部门的抽象行政行为（如规范性文件），需先通过“附带审查”程序提出，不能直接起诉；若起诉的是政府不作为（如未履行法定职责），需先向政府部门提出书面申请，未获答复后才能起诉。
案例参考：某公司因环保局未批准其扩建项目申请，直接起诉环保局“不作为”，法院以“未先申请政府履行职责”为由驳回起诉，后公司补正程序后重新起诉获受理。
二、实体结果层面：可能胜诉获赔偿，也可能败诉承担成本
- 胜诉后果：若法院认定政府部门行政行为违法（如程序违法、超越职权、适用法律错误），可能判决撤销或变更行政行为，并要求政府部门赔偿公司直接损失（如因错误处罚导致的停产损失、货物贬值损失等）。但需注意：
- 赔偿范围有限：仅赔偿直接损失，不赔偿预期利益（如未获批项目可能产生的利润）；
- 执行难度存在：若政府部门拒不履行判决，公司需申请法院强制执行，但执行周期可能较长。
- 败诉后果：若法院认定政府部门行政行为合法，公司需承担诉讼费（通常按标的额比例收取，如1万元以下收50元，1万-10万元部分收2.5%），且可能因诉讼影响与政府部门的后续合作（如项目审批、政策扶持）。
数据参考：据最高人民法院2022年行政审判白皮书，行政诉讼中原告（包括公司）胜诉率约30%，败诉率约70%，其中因证据不足败诉的占败诉案件的60%。
三、社会影响层面：需权衡诉讼的“双刃剑”效应
- 正面影响：通过诉讼监督政府部门依法行政，推动法治政府建设；若胜诉，可提升公司社会形象（如“敢于维权”的标杆）。
- 负面影响：诉讼可能引发政府部门对公司的“重点关注”（如加强监管、严格审批），甚至影响公司与其他政府部门的合作；若诉讼被媒体报道，可能引发公众对公司“与政府对立”的误解，影响品牌声誉。
建议：公司起诉政府部门前，需全面评估诉讼的必要性（如是否已穷尽行政复议等非诉途径）、胜诉可能性（如证据是否充分、法律适用是否明确）及后果承受能力（如败诉成本、社会影响）。若决定起诉，建议委托专业律师制定诉讼策略，尽量降低风险。
总结：公司起诉政府部门是法律赋予的权利，但需谨慎行使。若您有具体案情或疑问，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供更精准的法律建议。