在合同纠纷中，实质性变更并不直接等同于应该废标，是否废标需根据具体情况及相关法律规定综合判断。以下从几个关键角度进行分析：

一、实质性变更的定义与影响

实质性变更通常指的是对招标文件中的关键条款、条件或要求进行了修改，这些修改可能影响到招标项目的本质、投标人的竞争地位或招标人的利益。实质性变更可能涉及合同的主要条款，如价格、质量、履行期限、付款方式等。

二、废标的法律依据与条件

废标是指招标过程中，因出现法定情形或招标文件规定的情况，导致招标活动无法继续进行或需要重新进行的行为。废标的法律依据主要来源于《中华人民共和国招标投标法》及其相关规定。根据这些规定，废标通常出现在以下情形：

1. 符合专业条件的供应商或者对招标文件作实质响应的供应商不足三家的：这表明竞争不充分，无法形成有效的市场竞争机制。
2. 出现影响采购公正的违法、违规行为的：如串通投标、弄虚作假等，这些行为破坏了招标的公正性和公平性。
3. 投标人的报价均超过了采购预算，采购人不能支付的：这表明招标项目在经济上不可行。
4. 因重大变故，采购任务取消的：如政策调整、项目撤销等不可抗力因素导致招标项目无法继续进行。

实质性变更本身并不直接构成废标的法定条件。然而，如果实质性变更导致了上述废标情形之一的出现，或者变更内容违反了法律、行政法规的强制性规定，那么废标可能成为一种必要的法律后果。

三、实质性变更的处理方式

1. 重新招标：如果实质性变更导致招标文件的关键条款发生重大变化，且这种变化无法通过澄清或修改来弥补，那么重新招标可能是一个合理的选择。这可以确保所有投标人在相同的条件下进行竞争，维护招标的公正性和公平性。
2. 继续招标但调整评标标准：在某些情况下，实质性变更可能不影响招标的本质和投标人的竞争地位，但需要对评标标准进行相应调整以反映变更内容。这种情况下，可以继续招标但需确保评标过程的公正性和透明度。
3. 与投标人协商并达成一致：如果实质性变更对投标人的利益产生较大影响，且双方愿意通过协商来解决问题，那么可以尝试与投标人达成一致意见并修改招标文件或合同条款。这需要双方充分沟通并达成共识，以确保变更内容的合法性和合理性。

四、法律建议

1. 仔细审查招标文件：在参与招标活动前，务必仔细审查招标文件中的所有条款和条件，特别是关于实质性变更的规定。这有助于了解招标人的要求和期望，并避免因误解或疏忽而导致的不必要的风险。
2. 及时沟通并寻求法律意见：如果发现招标文件中存在实质性变更或可能引发争议的内容，应及时与招标人沟通并寻求专业法律意见。这有助于明确双方的权利和义务，并避免潜在的法律纠纷。
3. 保留相关证据：在招标过程中，务必保留所有与招标活动相关的证据和文件，如招标文件、投标文件、澄清函、修改通知等。这些证据在后续可能出现的法律纠纷中具有重要的证明作用。

实质性变更并不直接等同于应该废标。是否废标需根据具体情况及相关法律规定综合判断。在处理实质性变更时，应谨慎行事并遵循相关法律法规的规定，以确保招标活动的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。