关于项目因第三方已先行施工而后才进行招标是否违法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的回答，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 招标程序的合法性：

   • 通常情况下，招标程序应当在项目施工前进行，以确保所有潜在投标人都有平等的机会参与竞争，并选择出最合适的承包商。如果第三方已经先行施工，而后再进行招标，这可能违反了招标程序的基本原则，即公平、公正、公开。
   • 然而，也存在一些特殊情况，如紧急抢修工程、涉及国家安全或秘密的工程等，这些工程可能因特殊原因无法事先进行招标。但即便如此，也需要在事后尽快补办相关招标手续，并确保程序的合法性和透明度。

2. 合同的有效性：

   • 如果招标程序存在瑕疵或违法，那么基于该招标程序签订的合同可能面临无效的风险。因为合同的签订应当建立在合法、有效的招标程序基础之上。
   • 但另一方面，如果第三方施工的行为已经得到了相关部门的批准或认可，并且后续招标程序虽然存在瑕疵但并未影响合同的实质性内容，那么合同可能仍然有效。不过，这种情况下需要具体分析合同条款、招标程序瑕疵的性质和程度等因素。

3. 法律责任与后果：

   • 如果招标程序违法，相关责任方（如招标人、招标代理机构等）可能面临行政处罚，如罚款、警告等。同时，如果因此给投标人或其他利害关系人造成损失的，还可能需要承担民事赔偿责任。
   • 对于已经先行施工的第三方，如果其施工行为未经合法授权或违反了相关法律法规的规定，那么其可能面临停工、罚款、拆除违法建筑等法律后果。

4. 实际操作中的建议：

   • 如果你作为项目方或相关方，发现项目存在先施工后招标的情况，建议立即停止施工行为，并尽快咨询专业律师或相关部门的意见，以了解具体的法律责任和后果。
   • 同时，积极与相关部门沟通协调，尽快补办相关招标手续或采取其他合法措施来弥补程序上的瑕疵。
   • 如果已经因此产生了纠纷或损失，建议及时收集相关证据材料，并考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。

综上所述，项目因第三方已先行施工而后才进行招标是否违法，需要根据具体情况来综合判断。如果你对此有进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。