结论：公司起诉员工时，是否会调查微信转账记录，这取决于具体的案件情况、公司的诉求以及法院的审理需要。以下从多个角度进行详细分析：

1. 案件性质与证据需求：

   • 如果公司起诉员工涉及的是与财务、经济纠纷相关的案件，如员工涉嫌贪污、挪用资金等，那么公司很可能会积极收集包括微信转账记录在内的各类财务证据，以证明其主张。
   • 在这类案件中，微信转账记录可能作为直接证据，用于证明资金流动情况、交易双方身份以及交易目的等关键信息。

2. 法院的审理需要：

   • 法院在审理案件时，会根据双方当事人的主张和提供的证据进行综合判断。如果公司认为微信转账记录对于证明其主张至关重要，且该记录与案件事实具有直接关联性，那么法院很可能会要求公司提供或允许公司调查这些记录。
   • 同时，如果员工认为这些记录对其有利或能够反驳公司的主张，也可以主动提供或申请法院调取。

3. 调查手段与合法性：

   • 公司调查微信转账记录的方式必须合法合规。例如，公司不能通过非法手段获取员工的微信转账记录，如黑客攻击、窃取密码等。
   • 通常，公司会通过合法途径，如向法院申请调查令、要求员工提供相关记录或通过与微信支付平台合作等方式来获取这些记录。

4. 员工的权益保护：

   • 员工在面对公司调查微信转账记录时，有权了解调查的目的、范围和方式，并有权对不合法的调查行为提出异议。
   • 如果员工认为公司的调查行为侵犯了其隐私权或其他合法权益，可以向法院提出申请，要求停止调查或排除相关证据。

法律建议：

• 对于公司而言，在起诉员工前应充分评估证据的充分性和合法性，确保所收集的证据能够支持其主张，并避免侵犯员工的合法权益。
• 对于员工而言，在面对公司调查时应保持冷静，了解自己的权益和义务，并在必要时寻求法律帮助以保护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果公司能够合法合规地获取并提交微信转账记录作为证据，且这些记录能够证明其主张，那么法院可能会支持公司的诉求。
• 如果公司无法提供合法有效的证据或证据不足以支持其主张，或者员工的反驳证据充分有力，那么法院可能会驳回公司的诉求或判决员工胜诉。

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