招标代理公司的负责人不能作为评标专家参加他们公司所代理标段的评标工作。以下是从不同角度进行的详细分析：
法律法规角度
回避制度：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，评标委员会成员与投标人有利害关系的人不得进入相关项目的评标委员会；已经进入的应当更换。招标代理公司的负责人作为招标代理活动的直接参与者，与所代理的标段存在直接的利害关系，因此应当回避，不得作为评标专家参与评标。
评标专家资格与独立性：
- 评标专家应当具备相应的专业知识和经验，并且应当保持独立性，以确保评标的公正性和客观性。招标代理公司的负责人作为招标代理方的代表，其立场和利益可能与招标人或投标人存在偏差，因此不适合作为评标专家。
实际操作与公平性角度
维护公平竞争：
- 招标投标活动的核心原则之一是公平竞争。如果招标代理公司的负责人作为评标专家参与评标，可能会引发其他投标人对评标公正性的质疑，从而破坏公平竞争的环境。
避免利益冲突：
- 招标代理公司的负责人在代理招标过程中，可能会与招标人或某些投标人形成特定的利益关系。如果其作为评标专家参与评标，可能会利用这种利益关系影响评标结果，从而损害其他投标人的合法权益。
行业规范与道德准则角度
行业规范：
- 招标投标行业有一系列严格的规范和准则，要求参与招标投标活动的各方保持诚信、公正和透明。招标代理公司的负责人作为行业的一员，应当遵守这些规范和准则，不得利用职务之便谋取不正当利益。
道德准则：
- 作为专业人士，招标代理公司的负责人应当具备高度的职业道德和责任感。其作为评标专家参与评标，可能会引发道德上的质疑和争议，损害个人和行业的声誉。
总结与建议：
招标代理公司的负责人不能作为评标专家参加他们公司所代理标段的评标工作，这是由法律法规、实际操作与公平性、行业规范与道德准则等多方面因素共同决定的。为了确保招标投标活动的公正性和客观性，维护公平竞争的环境，建议招标代理公司在组织评标时严格遵守相关法律法规和行业规范，避免利益冲突和道德风险。如果您在招标投标领域遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。