协会法人是否可以由书记兼任，这个问题不能一概而论，需要分情况讨论：
一、党政机关领导干部兼任协会法人的情况
根据中共中央办公厅、国务院办公厅的相关规定，县及县以上各级党政机关（包括党的机关、人大机关、行政机关、政协机关、审判机关、检察机关）的在职县（处）级以上领导干部，原则上不得兼任社会团体（含境外社会团体）的领导职务，这里的领导职务包括会长、副会长、秘书长等，而协会法人作为协会的法定代表人，通常也属于领导职务的范畴。因此，党政机关的在职县（处）级以上领导干部，原则上不得兼任协会法人。
然而，也存在特殊情况。如果确因工作需要或领导干部具有特殊专业知识、管理经验，且兼任协会法人有助于推动协会发展和社会公益事业，那么经过严格的审批程序后，可能允许其兼任。但这种情况下，必须确保兼职行为不影响本职工作，不违反廉洁纪律，且符合社会公益原则。同时，兼职期间不得领取社会团体的任何报酬或额外利益，也不得占用社团资源。
二、国有企业、事业单位领导干部兼任协会法人的情况
对于国有企业和事业单位的领导干部，他们兼任协会法人等社会团体职务时，也需遵循企业内部管理规定及国资监管部门、上级主管部门的相关要求。通常也需要履行审批、报备程序，以防止利益输送和影响本职工作。与党政机关领导干部类似，如果确因工作需要或具有特殊优势，经过审批后可能允许兼任，但同样需要确保兼职行为的合法性和合规性。
三、非领导干部身份的人员兼任协会法人的情况
如果提问中的“书记”并非指党政机关、国有企业或事业单位的领导干部，而是指某个具体组织（如党支部、团委等）的书记，且该组织并非上述提到的需要严格审批的机关或单位，那么该书记兼任协会法人通常不受上述规定的限制。但即便如此，也需要确保兼任行为符合协会章程和相关法律法规的规定，且不会引发利益冲突或其他问题。
总结与建议
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