农民擅自在耕地上搭建棚子，若需立案处理，一般涉及行政立案或刑事立案两种情况，具体立案方式如下：

一、行政立案

1. 立案主体：通常由当地的自然资源主管部门（如国土资源局）或农业农村部门负责。这些部门有权对违反土地管理法规的行为进行查处。

2. 立案条件：

   • 农民未经批准，擅自改变耕地用途，在耕地上搭建棚子。
   • 该行为违反了《土地管理法》等相关法律法规的规定。

3. 立案程序：

   • 发现违法行为：相关部门通过巡查、举报等方式发现农民在耕地上搭建棚子的违法行为。
   • 立案调查：对违法行为进行立案，并展开调查，收集相关证据，如现场照片、询问笔录等。
   • 作出处罚决定：根据调查结果，依法作出处罚决定，如责令拆除棚子、恢复土地原状、罚款等。
   • 执行处罚决定：监督农民执行处罚决定，确保违法行为得到纠正。

二、刑事立案（若构成犯罪）

1. 立案主体：由公安机关负责。当农民在耕地上搭建棚子的行为涉嫌犯罪时，如非法占用农用地罪，公安机关将介入调查。

2. 立案条件：

   • 农民非法占用耕地，改变被占用土地用途，数量较大（如非法占用基本农田5亩以上或者非法占用基本农田以外的耕地10亩以上）。
   • 造成耕地大量毁坏，即行为人非法占用耕地建窑、建坟、建房、挖沙、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他非农业建设，造成基本农田5亩以上或者基本农田以外的耕地10亩以上种植条件严重毁坏或者严重污染。

3. 立案程序：

   • 报案或举报：相关部门或个人发现农民在耕地上搭建棚子的行为涉嫌犯罪时，向公安机关报案或举报。
   • 立案审查：公安机关对报案或举报进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任时，予以立案。
   • 刑事侦查：公安机关展开刑事侦查，收集相关证据，查明犯罪事实。
   • 移送审查起诉：侦查终结后，将案件移送人民检察院审查起诉。
   • 审判：人民法院对案件进行审判，依法作出判决。

针对您的情况，我给出以下建议：

1. 了解相关法律法规：农民应了解《土地管理法》等相关法律法规的规定，明确在耕地上搭建棚子的法律后果。
2. 合法使用土地：如需在耕地上搭建棚子，应依法办理相关手续，如申请建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等。
3. 积极配合调查：若相关部门对农民在耕地上搭建棚子的行为进行调查时，农民应积极配合，如实说明情况，提供相关证据。
4. 寻求法律帮助：若农民对立案程序或处罚决定有异议，可寻求法律帮助，如咨询律师或申请行政复议、提起行政诉讼等。