针对您提出的“员工旷工三天怎么扣公司合法规定”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、法律依据与原则
首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》的相关规定，用人单位不得无故克扣或拖欠劳动者的工资。同时，即使因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位在要求赔偿时，也需遵循一定的限制条件，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
二、旷工扣款的合法性判断
非法扣款情形：
- 若劳动合同或公司规章制度中未明确旷工扣款的具体规则，或扣款比例超过法定上限（例如，旷工一天扣三天工资，即日薪的三倍），则这种扣款行为属于违法克扣工资。
合法扣款前提：
- 公司规章制度需经民主程序制定并公示，确保员工知晓并同意。
- 扣款比例需合理，不得超过月薪的20%。
- 扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
三、针对旷工三天的具体扣款建议
核查公司规章制度：
- 首先，您需要核查公司的规章制度中是否明确规定了旷工的扣款规则。如果规章制度中未明确规定，或规定与法律法规相冲突，则公司无权进行扣款。
合理扣款方式：
- 如果公司规章制度中规定了旷工的扣款规则，且该规则符合法律法规的要求，那么公司可以按照规章制度进行扣款。但扣款应仅限于旷工当天的工资，或根据规章制度中的合理比例进行扣款，而不应超出法定上限。
- 例如，如果公司规章制度规定旷工一天扣当天工资的100%（即不支付当天工资），这是合法的。但如果规定旷工一天扣三天工资，则可能违法。
考虑实际损失：
- 即使公司规章制度中规定了旷工的扣款规则，公司也应考虑旷工行为是否实际给公司造成了经济损失。如果旷工行为并未给公司造成实际损失，或损失较小，那么公司扣款时应更加谨慎，避免过度惩罚员工。
四、员工应对措施
与公司协商：
- 如果您认为公司的扣款行为不合理或违法，您可以首先与公司进行协商，要求公司提供扣款依据，并说明扣款的合法性。
寻求外部帮助：
- 如果协商无果，您可以向当地人力资源和社会保障局劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，您需要提供相关证据，如工资条、考勤记录、公司规章制度等。
五、总结与建议
公司应完善规章制度：
- 公司应制定合法、合理的规章制度，明确旷工的扣款规则，并确保规章制度经民主程序制定并公示。
员工应增强法律意识：
- 作为员工，您应增强法律意识，了解自己的权益和义务。在遇到不合理扣款时，应勇敢维护自己的合法权益。
共同营造和谐劳动关系：
- 无论是公司还是员工，都应遵守相关法律法规，共同营造一个公平、合理的劳动环境。通过沟通和协商解决争议，维护劳动关系的和谐稳定。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。