水行政处罚案卷评查是规范水行政执法行为、提高依法行政水平的重要环节。其评查的主要内容可以归纳为以下几个方面：

一、行政执法主体是否合法

这是评查的首要内容，主要检查实施水行政处罚的执法主体是否具备相应的执法资格和权限，是否符合法律法规的规定。只有合法的执法主体才能实施有效的行政处罚。

二、行政执法适用的法律政策依据是否正确

评查过程中，需要仔细核对行政处罚所依据的法律、法规和规章是否准确无误，是否适用于当前的具体案件。正确的法律政策依据是确保行政处罚合法性和适当性的基础。

三、行政执法事实是否清楚，证据是否充分，定性是否准确

这一环节要求评查人员对案件事实进行全面审查，确认事实是否清晰、证据是否确凿充分，以及案件定性是否准确。只有事实清楚、证据充分、定性准确的案件，才能确保行政处罚的公正性和合理性。

四、行政执法程序是否合法，内部流程、办理时限是否符合规定

评查过程中，需要检查行政处罚的实施过程是否遵循了法定的程序，包括立案、调查取证、审查决定、送达执行等各个环节。同时，还要检查内部流程是否顺畅，办理时限是否符合规定，以确保行政处罚的效率和合法性。

五、作出的行政决定是否合法、适当

这一环节要求评查人员对行政处罚决定进行审查，确认其是否合法、适当。合法的行政决定应当符合法律法规的规定，适当的行政决定则应当考虑案件的具体情况和当事人的实际情况，确保处罚的公正性和合理性。

六、行政执法文书、案卷材料是否完整齐备，文书使用是否规范，卷宗制作归档是否符合标准

最后，评查人员还需要对行政执法文书和案卷材料进行审查，确认其是否完整齐备，文书使用是否规范，卷宗制作归档是否符合标准。规范的文书和案卷材料是确保行政处罚合法性和有效性的重要保障。

综上所述，水行政处罚案卷评查的主要内容涵盖了执法主体、法律政策依据、案件事实、执法程序、行政决定以及文书和案卷材料等多个方面。通过全面细致的评查，可以确保水行政处罚的合法性和适当性，提高依法行政水平。