针对您提出的“有限公司注销后有纠纷怎么处理”的问题，这是一个涉及法律程序和责任认定的复杂问题，我会结合相关法律规定和实际操作，为您详细解答。
一、责任承担主体的确定
依法清算后的责任：
- 如果公司在注销前已经按照法定程序进行了清算，并在清算报告中明确处理了债权债务，那么通常根据清算结果来确定责任。若合同债务在清算时已得到合理处置，股东一般不再承担责任。
未依法清算或特殊情形的责任：
- 未依法清算：若公司未经合法清算即注销，导致无法清算或清算不彻底，股东或清算义务人（如董事、控股股东、实际控制人等）需对公司债务承担清偿责任。特别是如果未通知债权人申报债权或隐瞒重要债务，股东可能需赔偿因此造成的损失。
- 承诺负责：若股东或第三人在注销时书面承诺对公司债务负责，债权人可要求这些承诺者承担合同责任。
- 滥用公司法人地位：若股东滥用公司法人独立地位和有限责任逃避债务，严重损害债权人利益，应承担连带责任。
二、纠纷处理途径
协商：
- 双方友好协商是解决纠纷的首选方式。通过沟通，双方可以达成共识，快速灵活地解决问题，同时维护商业关系。
调解：
- 若协商不成，可寻求第三方调解。例如，可以请求行业协会、人民调解委员会等机构进行调解，以达成双方都能接受的解决方案。
仲裁：
- 如果合同中有仲裁条款，或者双方事后达成仲裁协议，可以向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁裁决具有法律效力，可执行性强，且通常比诉讼程序更为高效。
诉讼：
- 若协商、调解、仲裁均无果，当事人可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼中，起诉对象应为责任承担主体，如原股东或清算义务人，而非已注销的公司。同时，当事人需要收集充分证据支持自己的主张，如合同文本、交易记录、通信记录等。
三、特殊情形处理
公司注销后合同纠纷：
- 公司注销后，其合同主体资格消灭。但注销前签订的合同仍在履行中或产生纠纷时，需根据具体情况确定责任主体。若公司因合并或分立注销，由合并或分立后的公司承继权利义务；若无权利义务承继主体，则依据未依法清算或清算后遗留债务的规定确定责任主体。
因注销程序违法的纠纷：
- 如果债权人认为公司注销程序违法，可以向法院主张撤销注销登记，恢复公司主体资格后再维权；或者在法定期限内向作出注销决定的机构主张权利。
四、建议与注意事项
- 证据收集：在处理纠纷过程中，当事人应妥善收集和保存相关证据，以证明自己的主张。证据是诉讼和仲裁中的关键，直接影响到案件的胜败。
- 法律专业人士帮助：由于公司注销后的纠纷处理涉及复杂的法律程序和责任认定，建议当事人寻求法律专业人士的帮助，如律师或法律顾问，以确保自身权益得到妥善保护。
综上所述，有限公司注销后有纠纷的处理需根据具体情况分析责任承担主体，并选择合适的纠纷处理途径。在整个过程中，遵守相关法律法规和程序规定至关重要。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。