结论：不建议在摩托车卖掉后，由对方将发动机和车架磨掉再签协议。这种做法存在多重法律风险，且可能无法有效保障您的权益。

详细分析：

1. 法律风险：

   • 车辆识别信息的重要性：发动机号和车架号是车辆的唯一识别信息，类似于人的身份证号。这些信息在车辆交易、登记、年检、保险等多个环节都起着至关重要的作用。一旦这些信息被磨掉，车辆将无法正常进行后续的法律程序，如过户、年检等，这可能导致您作为原车主承担不必要的法律责任。
   • 协议的有效性：即使双方签订了协议，但如果协议内容涉及违法或损害第三方利益（如后续买家或交通管理部门），该协议可能被视为无效。此外，如果对方在磨掉发动机和车架号后从事违法活动，如盗抢、拼装车辆等，您作为原车主也可能因无法证明车辆已合法转让而卷入法律纠纷。

2. 权益保障：

   • 交易安全：在车辆交易中，确保车辆的合法性和完整性是保障双方权益的基础。磨掉发动机和车架号会破坏车辆的完整性，增加交易风险。为了保障您的权益，建议在交易前对车辆进行全面检查，确保所有识别信息清晰可见，并在协议中明确约定车辆的状态和转让后的责任划分。
   • 后续纠纷处理：如果未来因车辆问题产生纠纷，清晰的车辆识别信息和完整的交易记录将是解决纠纷的关键证据。磨掉发动机和车架号将使得这些证据丧失，增加您维权难度。

3. 建议做法：

   • 正规交易流程：遵循正规的车辆交易流程，包括签订书面买卖合同、办理车辆过户手续等。这些流程能够确保交易的合法性和有效性，降低法律风险。
   • 保留证据：在交易过程中，保留好所有相关证据，如买卖合同、付款凭证、车辆交接单等。这些证据将在未来可能出现的纠纷中发挥重要作用。
   • 咨询专业意见：如果您对车辆交易流程或法律风险存在疑问，建议咨询专业律师或相关机构，以确保您的权益得到充分保障。

总结：在摩托车交易中，不建议采取磨掉发动机和车架号再签协议的做法。这种做法不仅存在法律风险，还可能无法有效保障您的权益。为了确保交易的合法性和安全性，建议您遵循正规的交易流程，并咨询专业律师的意见。如果您有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。