出租车司机因违法驾驶扣分过多，可采取以下措施处理：

1. 及时处理违章并缴纳罚款
   根据《道路交通安全法》及实施条例，驾驶员应在收到违章通知后15日内处理违章并缴纳罚款。若逾期未处理，可能面临滞纳金（每日按罚款数额的3%加处，最高不超过本金）及驾驶证被暂扣的风险。建议优先通过“交管12123”APP或线下交警窗口完成违章处理，避免扣分累积导致更严重后果。

2. 参加交通安全教育减分
   根据《接受交通安全教育减免道路交通安全违法行为记分工作规范》，符合条件的驾驶员可通过参加公安机关交通管理部门组织的交通安全教育（如现场学习、网络学习、交通安全公益活动）减免部分记分。一个记分周期内最高可减免6分，但需注意：

   • 仅限本人名下车辆违章；
     
   • 需在驾驶证记分周期内完成学习并申请减分；
     
   • 减免后剩余记分仍需通过其他方式处理。

3. 申请行政复议或诉讼（针对争议违章）
   若认为违章记录存在错误（如被套牌、证据不足等），可在收到处罚决定书后60日内向作出处罚的交警部门申请行政复议，或6个月内向法院提起行政诉讼。需提供证据证明违章非本人所为或处罚程序违法，例如行车记录仪视频、GPS轨迹等。

4. 关注驾驶证状态，避免吊销风险

   • 若一个记分周期内累计扣分达到12分，需参加7日交通安全教育并重考科目一；
     
   • 若累计扣分达到24分，除重考科目一外，还需参加道路驾驶技能考试（科目三）；
     
   • 若驾驶证被暂扣期间继续驾驶，可能面临15日以下拘留及200-2000元罚款。建议定期查询驾驶证状态，避免因疏忽导致吊销。

5. 出租车公司管理责任与内部处理
   根据《出租汽车驾驶员从业资格管理规定》，出租车公司需对驾驶员的交通违法行为进行内部管理，可能采取以下措施：

   • 扣减绩效或奖金；
     
   • 要求参加公司组织的交通安全培训；
     
   • 情节严重者（如多次扣满12分）可能解除劳动合同。建议与公司沟通，了解内部处理政策并配合整改。

风险提示：若驾驶证被吊销，需重新参加驾考并取得驾驶证后方可继续从事出租车驾驶工作。建议严格遵守交通规则，定期通过“交管12123”APP查询违章记录，避免扣分累积。如有进一步疑问，可直接向我咨询。