结论前置：仲裁中使用纸质版合同是有效的，但前提是该合同需满足法律规定的合同有效要件，并且仲裁协议本身也需符合法定要求。
纸质版合同的有效性
合同有效的一般要件：
- 根据《民法典》的相关规定，合同要有效，首先需满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定以及不违背公序良俗等条件。纸质版合同作为书面合同的一种形式，只要这些条件得到满足，就是有效的。
纸质版合同的特殊效力：
- 纸质版合同通过双方签字或盖章确认合同内容，这一行为被视为对合同条款的明确认可和承诺。在仲裁过程中，纸质版合同可以作为证据提交，用以证明双方之间的权利义务关系。
仲裁协议的有效性
仲裁协议的法定要件：
- 根据《仲裁法》的规定，有效的仲裁协议必须包含请求仲裁的意思表示、明确的仲裁事项以及选定的仲裁委员会。如果纸质版合同中包含了这些要素的仲裁协议条款，并且这些条款是双方真实意思的表示，那么该仲裁协议就是有效的。
仲裁协议的特殊要求：
- 如果纸质版合同是格式合同，那么提供格式合同的一方需要遵循公平原则，并采取合理方式提示对方注意仲裁协议条款，并按对方要求对条款进行说明。如果未履行这些义务，可能导致仲裁协议条款无效。
仲裁中使用纸质版合同的注意事项
合同内容的完整性：
- 确保纸质版合同内容完整，包括双方的基本信息、合同标的、数量、质量、价款、履行期限、违约责任等关键条款。这些条款对于仲裁庭理解合同关系、判断双方责任至关重要。
仲裁协议的明确性：
- 仲裁协议应明确约定仲裁事项和选定的仲裁委员会。避免使用模糊或不确定的语言，以免在仲裁过程中产生争议。
证据的保存与提交：
- 在仲裁过程中，双方应妥善保存纸质版合同原件，并按照仲裁庭的要求提交相关证据。如果合同原件丢失或损坏，可能影响仲裁结果。
示例说明
假设甲乙双方签订了一份纸质版的买卖合同，并在合同中约定了仲裁条款：“因本合同产生的或与本合同有关的任何争议，均提交至XX仲裁委员会进行仲裁。”如果后续双方因合同履行产生争议，并决定通过仲裁解决，那么这份纸质版合同及其中的仲裁条款就是有效的，可以作为仲裁的依据。
总结与建议：仲裁中使用纸质版合同是有效的，但前提是合同需满足法律规定的合同有效要件，并且仲裁协议本身也需符合法定要求。在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，确保合同内容完整、明确，并妥善保存合同原件。如果对合同的效力或仲裁协议的条款存在疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。