结论：大学生签订的三方协议中规定违约金五千元，若该违约金不足以赔偿对方损失，则根据法律规定和合同约定，对方确实有权要求另行计算赔偿金额。但具体能否得到支持，还需结合实际情况及法律规定综合判断。
分析说明：
违约金与赔偿损失的关系：
- 在合同中，违约金是双方预先约定的，一方违约时应向对方支付的一定数额的金钱。其目的在于补偿因违约给对方造成的损失，并具有一定的惩罚性。
- 赔偿损失则是指违约方因其违约行为给对方造成的实际损失，应承担的赔偿责任。赔偿损失的范围通常包括直接损失和间接损失。
- 当违约金不足以弥补对方实际损失时，对方有权要求违约方另行赔偿损失，以使其损失得到完全补偿。
三方协议的特殊性：
- 三方协议通常涉及学校、学生和用人单位三方，是学生在毕业前与用人单位达成的一种就业意向协议。
- 虽然三方协议在性质上可能更接近于预约合同（即约定将来订立一定合同的合同），但一旦签订，对各方均具有法律约束力。
- 因此，若三方协议中明确约定了违约金条款，且该违约金不足以赔偿对方损失，对方有权依据法律规定和合同约定要求另行赔偿。
法律支持：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
- 若约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；若约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
法律建议：
- 对于学生而言：在签订三方协议前，应仔细阅读协议条款，特别是关于违约金的约定。若认为违约金过高或不合理，可与用人单位协商修改或寻求学校帮助。
- 对于用人单位而言：在约定违约金时，应合理预估可能因学生违约造成的损失，并确保违约金数额与损失相当。若违约金过低，可能无法有效约束学生行为；若过高，则可能面临被法院或仲裁机构调整的风险。
- 若发生纠纷：双方应首先通过协商解决；协商不成的，可依据协议中的争议解决条款（如仲裁或诉讼）寻求法律救济。
可能后果：
- 若学生违约且违约金不足以赔偿用人单位损失，用人单位有权要求另行赔偿。若学生拒绝赔偿，用人单位可通过法律途径追偿。
- 若用人单位主张的赔偿金额过高或缺乏依据，法院或仲裁机构可能不予支持或予以调整。
进一步思考：在实际操作中，三方协议的签订和履行可能涉及更多复杂情况，如学生是否已实际入职、用人单位是否已为学生提供培训或福利等。这些因素都可能影响违约金的计算和赔偿责任的承担。因此，在签订和履行三方协议时，各方应谨慎对待并咨询专业法律意见。