公司与个人实行承包协议后，工资的计算方式主要取决于承包协议的具体约定以及相关法律法规的规定，一般有以下两种情况：

1. 协议有明确约定：

   • 如果承包协议中明确规定了工资的计算方式、支付时间、支付条件等，那么双方应当按照协议的约定来执行。这种情况下，工资的计算相对简单明了，只需遵循协议中的条款即可。
   • 例如，协议可能规定工资为固定金额，或者根据承包业务的完成情况、利润情况等按比例分配。只要这些约定不违反法律法规的强制性规定，就是有效的。

2. 协议无明确约定或约定不明：

   • 如果承包协议中没有明确规定工资的计算方式，或者约定不明确导致双方产生争议，那么就需要根据相关法律法规来推断和确定工资的计算方式。
   • 在这种情况下，可以参考《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规中关于工资支付的规定。一般来说，工资应当按照劳动者提供的劳动数量和质量来计算，且不得低于当地最低工资标准。
   • 如果双方无法就工资计算方式达成一致，可能需要通过劳动争议调解、仲裁或诉讼等途径来解决争议。

额外建议：

• 在签订承包协议时，双方应当尽可能明确、具体地约定工资的计算方式、支付时间、支付条件等条款，以避免后续产生争议。
• 如果对工资计算方式有疑问或不确定，建议在签订协议前咨询专业律师或法律机构，以确保协议的合法性和有效性。
• 在履行承包协议过程中，双方应当保留好相关证据，如工作记录、支付凭证等，以便在发生争议时能够证明自己的主张。