针对营运小车违章扣6分并罚款400元的处理方式，核心结论是：您需要按照规定接受处罚，同时根据具体情况处理扣分和罚款，并关注对营运资质的影响。以下是具体分析和建议：

1. 接受处罚并缴纳罚款
   根据《道路交通安全法》及相关规定，违章行为需在收到处罚决定书后15日内缴纳罚款（逾期可能产生滞纳金）。您可通过以下方式处理：

   • 线上：通过“交管12123”APP或当地交警官网，输入处罚决定书编号完成缴费；
     
   • 线下：前往指定银行或交警大队窗口缴纳罚款。
     注意：罚款金额为400元，需确认处罚决定书上的金额无误，避免多缴或漏缴。

2. 处理驾驶证扣分
   扣6分需关注驾驶证记分周期：

   • 若当前记分周期内累计扣分未达12分，缴纳罚款后扣分会自动清除（但违章记录会保留）；
     
   • 若累计扣分达12分，需参加7天交通安全教育并重考科目一，合格后清分；
     
   • 营运车辆驾驶员需特别注意：部分地区对营运资质有额外要求（如扣分达到一定数值需重新培训或吊销资格），建议咨询当地交通部门。

3. 关注营运资质影响
   营运车辆违章可能涉及以下后果：

   • 企业内部处罚：如扣减安全奖、要求参加安全培训等；
     
   • 行政监管：部分地区对营运车辆驾驶员的违章记录有动态监管，频繁违章可能影响营运资格续期；
     
   • 保险影响：违章记录可能影响下一年度商业险费率。
     建议：主动向所属企业或当地运管部门报告违章情况，确认是否需要额外手续。

4. 特殊情况处理

   • 对处罚有异议：可在收到处罚决定书60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼（需提供证据，如现场照片、监控录像等）；
     
   • 代扣分风险：切勿通过他人代扣分，此行为涉嫌违反《治安管理处罚法》，可能面临拘留和罚款。

温馨提示：营运车辆驾驶员需严格遵守交规，建议定期通过“交管12123”APP查询违章记录，及时处理避免累积影响。如有其他疑问，可直接向我咨询具体细节。