营运车被他人违规扣分，核心处理方式需根据具体违规情形及责任主体来确定，一般可分以下两种情况处理：
若违规行为确由他人实施，但扣分记录在营运车驾驶人名下
根据《道路交通安全违法行为处理程序规定》第六十条，当事人对交通违法行为事实有异议的，可向公安机关交通管理部门提出陈述、申辩。具体操作如下：
- 收集证据：立即固定违规行为发生时的证据，包括但不限于行车记录仪视频、监控录像、证人证言、车辆GPS轨迹等，证明实际驾驶人并非登记的营运车驾驶人。
- 申请复核：在收到处罚决定书后60日内，向作出处罚的交警部门提出书面复核申请，附上证据材料，要求撤销或变更扣分记录。若复核申请被驳回，可在收到复核结果后6个月内直接向法院提起行政诉讼。
- 追究实际责任人：若能明确实际违规驾驶人（如雇佣的司机、借用车辆者），可要求其承担行政处罚责任（如罚款、扣分），若其拒绝，可依据《民法典》第一千一百六十五条，以侵权为由向法院起诉，要求赔偿因扣分导致的营运损失（如停运期间收入减少、驾驶证降级影响等）。
若违规行为系他人冒用营运车信息（如套牌、伪造证件）
此情形已涉及刑事犯罪，需立即采取以下措施：
- 报案：向公安机关报案，提供车辆信息、违规时间地点、证据材料等，要求立案侦查。根据《刑法》第二百八十条之一，使用虚假身份证件、盗用身份信息可构成“使用虚假身份证件罪”或“盗用身份信息罪”。
- 申请更正记录：同步向交警部门提交报案回执、车辆唯一性证明（如车架号、发动机号比对结果），要求删除被套牌产生的违法记录。若交警部门未及时处理，可依据《行政诉讼法》提起行政诉讼，要求履行法定职责。
- 索赔：若因套牌导致车辆被查扣、营运中断，可依据《民法典》第一千一百八十四条，向实际套牌者主张财产损失赔偿（包括停运损失、车辆维修费等）。
关键提醒：营运车扣分直接影响驾驶人从业资格（如出租车、网约车需满足“无重大交通违法”条件），务必优先通过行政复议或诉讼程序纠正错误记录，避免因扣分累积导致驾驶证降级或营运资格吊销。若涉及刑事犯罪，需同步推动刑事立案，以彻底解决源头问题。
如有具体证据材料或案件细节，可进一步向我说明，我将结合证据类型提供更精准的诉讼策略。