公司确实可以通过司法程序追究员工的责任，但具体是否追究以及追究的方式，需根据员工的行为性质、造成的后果及公司规章制度等多方面因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、公司可追究员工责任的常见情形

1. 违反劳动合同或公司规章制度

   • 情形说明：员工若违反劳动合同中明确约定的义务，或严重违反公司制定的规章制度（如旷工、泄露商业秘密、贪污受贿等），公司有权依据合同或制度规定，通过司法程序追究其责任。
   • 法律依据：根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同，并可要求员工赔偿因违约或违规行为给公司造成的损失。

2. 侵犯公司财产权或知识产权

   • 情形说明：员工若通过盗窃、侵占、挪用等手段侵犯公司财产权，或未经许可擅自使用、披露公司商业秘密、专利、商标等知识产权，公司可依法追究其民事赔偿责任，甚至刑事责任。
   • 法律依据：根据《刑法》相关规定，如盗窃罪、职务侵占罪、侵犯商业秘密罪等，员工可能面临刑事处罚；同时，公司可根据《民法典》侵权责任编，要求员工承担民事赔偿责任。

3. 违反竞业限制义务

   • 情形说明：若员工在离职后违反与公司签订的竞业限制协议，到与原公司有竞争关系的企业工作或从事与原公司有竞争关系的业务，公司可要求员工支付违约金，并可能通过司法程序追究其责任。
   • 法律依据：根据《劳动合同法》第二十三条，对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

二、公司追究员工责任的流程

1. 收集证据：公司需收集员工违规或违约的证据，如劳动合同、规章制度、监控录像、财务记录、证人证言等。
2. 内部处理：在提起司法程序前，公司通常需先依据内部规章制度对员工进行处理，如警告、罚款、解除劳动合同等。
3. 协商调解：公司可尝试与员工进行协商调解，以达成和解协议，避免司法程序带来的时间和成本消耗。
4. 提起诉讼或仲裁：若协商调解无果，公司可根据具体情况选择向法院提起诉讼或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

三、公司追究员工责任时的注意事项

1. 确保规章制度合法有效：公司规章制度需经民主程序制定，并向员工公示或告知，否则可能因程序瑕疵而无效。
2. 注意证据收集与保存：公司需确保收集的证据真实、合法、有效，并妥善保存，以备司法程序中使用。
3. 合理确定赔偿金额：公司在要求员工赔偿时，需合理确定赔偿金额，避免过高或过低的赔偿要求影响司法程序的公正性和效率。

四、员工可能面临的法律后果

1. 民事赔偿责任：员工需赔偿因违规或违约行为给公司造成的损失，包括直接损失和间接损失。
2. 行政处罚：若员工行为违反行政法规，如盗窃、侵占等，可能面临行政处罚，如罚款、拘留等。
3. 刑事责任：若员工行为构成犯罪，如盗窃罪、职务侵占罪等，将面临刑事处罚，如有期徒刑、罚金等。

总结来说，公司是否通过司法程序追究员工责任，需根据具体情况综合判断。若员工行为确实违反了法律法规或公司规章制度，并给公司造成了损失，公司有权依法追究其责任。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。