核心结论：签好还款协议后还了一部分款项，后续处理方式需根据协议具体条款、剩余款项金额及双方协商情况综合判断，以下是具体分析：

1. 优先按协议履行剩余义务
   还款协议是双方真实意思表示，具有法律约束力。若协议中明确约定了还款金额、期限、方式等条款，您应继续按协议履行剩余还款义务（如定期还款、一次性还清等）。
   法律依据：根据《民法典》第509条，当事人应按约定全面履行义务。若未履行，对方有权要求您继续履行或承担违约责任（如支付逾期利息、违约金等）。

2. 与对方协商变更协议
   若您因经济困难等客观原因无法按原协议履行，可主动与对方协商变更还款计划（如延长还款期限、减少每期还款金额等）。协商一致后，建议签订书面补充协议，避免口头约定引发纠纷。
   操作建议：协商时保留沟通记录（如微信、邮件），补充协议需明确变更内容、生效条件及双方签字盖章。

3. 对方违约时的应对措施
   若您已按协议还款部分款项，但对方存在违约行为（如未提供收款凭证、拒绝接收还款等），您可：

   • 保留还款证据（如转账记录、收条），证明已履行部分义务；
     
   • 书面催告对方履行协议（如发送律师函），要求其配合完成剩余还款流程；
     
   • 若对方仍不配合，可向法院起诉，要求确认还款事实或主张对方违约责任。

4. 协议无效或可撤销的特殊情形
   若还款协议存在法定无效情形（如欺诈、胁迫、显失公平等），您可向法院或仲裁机构申请撤销协议，但需承担举证责任。例如：

   • 协议签订时对方以虚假信息诱导您签字；
     
   • 协议内容显失公平（如利息远超法定标准）。
     风险提示：撤销权需在知道撤销事由之日起1年内行使，逾期将丧失权利。

温馨提示：

• 还款时优先选择银行转账等可留痕的方式，避免现金交易；
  
• 若对方是金融机构（如银行），需注意协议中是否约定“提前还款需支付违约金”等条款；
  
• 如有疑问，可随时向我提供协议具体条款，我会进一步分析风险点。