员工工作期间患癌，公司是否有补偿义务需根据具体情况分析，主要分为癌症与工作无关和癌症被认定为职业病两种情况。以下是对此问题的详细解析：
一、癌症与工作无关的情况
医疗期内待遇：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病（包括癌症）需要停止工作医疗时，根据工作年限可享受3个月到24个月的医疗期（特殊疾病如癌症，医疗期一般为24个月）。
- 在医疗期内，公司应支付病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。
- 公司不得随意解除劳动合同，需保障员工在医疗期内的合法权益。
医疗期满后的处理：
- 若员工能够从事原工作或公司另行安排的工作，公司应继续支付正常工资待遇。
- 若员工不能从事原工作也不能从事公司另行安排的工作，公司可提前30日以书面形式通知员工本人或额外支付1个月工资后解除劳动合同，并支付经济补偿金。经济补偿金按员工在本单位工作的年限计算，每满1年支付1个月工资的标准；6个月以上不满1年的，按1年计算；不满6个月的，支付半个月工资的经济补偿。若员工月工资高于公司所在地区上年度职工月平均工资三倍，经济补偿金的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，但最高不超过十二年。
二、癌症被认定为职业病的情况
认定流程：
- 员工需进行职业病诊断，向用人单位所在地、本人户籍所在地或经常居住地的职业病诊断机构提出申请。
- 诊断机构出具职业病诊断证明书后，员工可享受相应的工伤保险待遇。
赔偿项目：
- 工伤保险待遇：若公司依法为员工缴纳了工伤保险，员工可享受医疗费用、康复费用、住院伙食补助费、交通食宿费、辅助器具费、停工留薪期工资等。停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。构成伤残的，还可享受一次性伤残补助金、伤残津贴等。若员工因职业病死亡，其近亲属可领取丧葬补助金、一次性工亡补助金和供养亲属抚恤金。
- 民事赔偿责任：若公司存在过错导致员工患职业病，除工伤保险待遇外，公司还需承担医疗费、护理费、残疾赔偿金、死亡赔偿金等民事赔偿责任。
三、其他注意事项
- 公司在处理患癌症员工问题时，必须遵循法律法规，确保员工合法权益得到保障。公司不得随意解除劳动合同，需按照法律规定支付医疗期内的病假工资和医疗期满后的经济补偿金。
- 公司应给予员工必要的关怀和支持，包括但不限于提供心理支持、协助申请相关救助等。这有助于缓解员工的心理压力，促进其康复。
- 若员工因癌症去世且公司已为其缴纳养老保险，遗属可领取丧葬补助金和抚恤金，由基本养老保险基金支付；若公司未缴纳养老保险，则由公司自行承担。
总结与建议：
员工工作期间患癌，公司是否有补偿义务需根据癌症是否与工作相关以及公司是否依法为员工缴纳了相关保险等因素综合判断。若癌症与工作无关，公司需支付医疗期内的病假工资和医疗期满后的经济补偿金；若癌症被认定为职业病，员工可享受工伤保险待遇，公司还可能承担民事赔偿责任。因此，建议员工在患癌后及时了解自己的权益和保障措施，积极寻求合法的赔付途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。